В феврале 2009 г. Блаженнейший Папа и Патриарх Александрийский и всей Африки Феодор II во главе делегации Александрийской Православной Церкви принимал участие в торжествах интронизации Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. 3 февраля в Патриаршей резиденции в Чистом переулке прошла встреча двух Предстоятелей.
С 10 по 12 апреля 2010 г. состоялся официальный визит Предстоятеля Русской Православной Церкви в Александрийский Патриархат. В Благовещенском Патриаршем соборе Александрии Блаженнейший Патриарх Феодор II и Святейший Патриарх Кирилл совершили Божественную литургию. В продолжение визита Предстоятель Русской Церкви, обращаясь к Патриарху Феодору, сказал:
«За последнее столетие стало доброй традицией участие Предстоятеля Александрийской Церкви во всех важнейших событиях жизни Московского Патриархата: после восстановления Патриаршества в Русской Церкви Первосвятители Александрии украшали своим присутствием в Москве четыре Патриаршие интронизации. И я по-человечески был очень рад, что именно Вы возглавили богослужение в Храме Христа Спасителя в день моей интронизации».
Тогда же состоялось награждение Патриарха Кирилла Большим крестом ордена апостола и евангелиста Марка. В Каире Святейший Патриарх Кирилл встретился с председателем Народной ассамблеи Египта, президентом ассоциации «Египет — Россия» Ф. Суруром. Во встрече также принял участие Патриарх Феодор II. В ходе беседы обсуждались различные аспекты межрелигиозного диалога, взаимоотношений между христианскими и исламскими общинами, вопросы противодействия экстремизму. 12 апреля Святейший Патриарх Кирилл и Патриарх Феодор II встретились с верховным имамом-шейхом университета аль-Азхар Ахмедом ат-Таибом. Стороны обсудили роль религии в современном мире, охваченном процессом глобализации. Предстоятель Русской Православной Церкви выступил с инициативой создать совместную рабочую группу, которая могла бы заниматься выработкой общего ответа на вызовы современности.
В период с 20 по 24 января 2012 г. Блаженнейший Патриарх Александрийский Феодор II посетил Москву. В Зале Церковных соборов Храма Христа Спасителя Предстоятелю Александрийской Православной Церкви была вручена премия Международного общественного фонда единства православных народов «За выдающуюся деятельность по укреплению единства православных народов. За утверждение и продвижение христианских ценностей в жизни общества» имени Святейшего Патриарха Алексия II. В июле того же года Блаженнейший Патриарх Феодор совершил неофициальную поездку в Россию, посетив Патриарший и Синодальный духовно-административный и культурный центр Русской Православной Церкви на юге России. Там предстоятели Александрийской и Русской Православных Церквей провели ряд рабочих встреч и обсудили различные вопросы двусторонних отношений и общеправославного сотрудничества. Русская Православная Церковь выразила готовность оказать помощь Александрийской Церкви в деле осуществления миссии на Африканском континенте. Тема гонений на христиан в странах, составляющих каноническую территорию Александрийского Патриархата, стала одной из главных на переговорах в ходе визита в Русскую Православную Церковь Патриарха Феодора в январе 2012 г. и во время празднования 1025-летия Крещения Руси (2013 г.).
С 19 по 29 августа 2015 г. по приглашению Святейшего Патриарха Московского Кирилла Блаженнейший Патриарх Александрийский и всей Африки Феодор II посетил Россию с паломническим визитом. Его Блаженство посетил Спасо-Преображенский Соловецкий монастырь, Иркутскую и Екатеринбургскую епархии. В Москве Предстоятели двух Церквей совершили Божественную литургию в Успенском соборе Московского Кремля, по окончании которой Святейший Патриарх Кирилл в своем слове отметил:
«Блаженнейший Владыка несет ответственность за православную миссию на всем Африканском континенте. И я хотел бы особенно отметить Ваши труды в последние годы. Вы рукополагаете новых архиереев, новых священнослужителей, Вы укрепляете Православие в тех местах, где его ранее не было. Достаточно сказать о Вашем последнем посещении острова Мадагаскар, когда огромное количество людей молилось вместе с Вами. Это свидетельствует о том, что миссия Православия в Африке сегодня успешна как, может быть, ни одна другая миссия».
19 ноября 2016 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл встретился с Блаженнейшим Патриархом Александрийским Феодором, прибывшим в пределы Русской Церкви для участия в торжествах по случаю 70-летия Предстоятеля Русской Православной Церкви. В своем слове Святейший Патриарх Кирилл поблагодарил Предстоятеля Александрийской Церкви и членов делегации, прибывших на празднование значимой для него даты, и особо отметил, что «Александрийская и Русская Церкви играют особую крайне важную роль в отношениях между нашими странами и народами». В ходе беседы были рассмотрены вопросы двусторонних отношений и общеправославного сотрудничества.
В 2017 г. Блаженнейший Патриарх Александрийский и всей Африки Феодор II участвовал в торжествах в Москве, посвященных 100-летию восстановления Патриаршества в Русской Православной Церкви.