В ноябре 2012 г. Святейший Патриарх Кирилл посетил Иерусалимскую Православную Церковь и провел переговоры с Патриархом Иерусалимским Феофилом III, Президентом Израиля Ш. Пересом, главой Палестинской национальной администрации М. Аббасом, королем Иордании Абдаллой II ибн аль-Хусейном, мэрами Иерусалима и Назарета, верховными раввинами Израиля по вопросам защиты прав христианского населения Ближнего Востока в связи с дестабилизацией политической обстановки в регионе, развития паломничества на Святую Землю. Патриарх Кирилл совершил богослужения в храме Воскресения Христова в Иерусалиме и на Гробе Господнем (совместно с Патриархом Иерусалимским), в Троицком соборе Русской духовной миссии в Иерусалиме, в Спасо-Вознесенском женском монастыре на Елеонской горе, чин великого освящения воды в реке Иордан, а также освятил храм Горненского монастыря близ Иерусалима во имя Всех святых, в земле Российской просиявших.
На встрече с Блаженнейшим Патриархом Феофилом III Святейший Патриарх Кирилл отметил:
«У нас на Руси всегда было особое отношение к Иерусалимской Православной Церкви и ее Предстоятелям. Мы всегда помним, что Иерусалимские Патриархи у Гроба Господня творят молитву о православных христианах, проживающих как в Библейском регионе, так и во всем мире. Просим святых молитв Вашего Блаженства о Церкви Русской и об окормляемых ею народах Святой Руси».
С 23 по 30 мая 2013 г. Блаженнейший Патриарх Иерусалимский и всей Палестины Феофил совершил визит в пределы Московского Патриархата, посетив Москву, Санкт-Петербург, Кронштадт и Валаамский монастырь. Предстоятели Русской и Иерусалимской Церквей совершили чин великого освящения Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца. В этом же году в июле Блаженнейший Патриарх Иерусалимский и всей Палестины Феофил III прибыл на празднование 1025-летия Крещения Руси. Во время беседы со Святейшим Патриархом Кириллом были еще раз подтверждены братские отношения между двумя Церквами, и особое внимание было уделено проблеме сохранения христианского присутствия на Святой Земле, защите христиан на Ближнем Востоке.
Блаженнейший Патриарх Феофил вновь посетил пределы Русской Православной Церкви в 2016 и 2017 гг.