26 декабря 1974 г. решением Патриарха Московского и всея Руси Пимена (Извекова) и Священного Синода 28-летний архимандрит Кирилл был назначен ректором Ленинградских духовных школ. Он стал самым молодым ректором в истории академии. Официальное вступление в должность состоялось 12 января следующего года. На богослужении в Троицком соборе Александро-Невской лавры в присутствии ленинградского духовенства, преподавателей, учащихся духовных школ и многочисленных верующих митрополит Никодим, вручая новопоставленному ректору жезл, так определил задачи будущего ректорского служения архимандрита Кирилла: «Возглавление воспитания и формирования тех, которые будут благовестниками Евангелия, священниками Бога Вышнего и служителями Господа Иисуса Христа… развитие отечественной богословской науки, что является непременной обязанностью духовной академии, центра научной богословской мысли». Выполнить этот наказ в условиях постоянного противодействия со стороны советских властей, стремившихся к разрушению богословских образования и науки, было непросто.
Молодой ректор дал новый импульс работе Библеистической группы, созданной в 1969 г. Ее задачей было возрождение отечественной библеистики «на основе методологических принципов, выработанных исследователями в конце XIX — начале XX в., и на базе организационных принципов работы над Библией, предложенных Святейшим Синодом в 1850-1860-е гг.». В 1975 г. группа опубликовала в «Богословских трудах» ряд важных архивных документов.
В 1976/77 уч. г. ректор приступил к пересмотру учебных планов, чего не делалось в ЛДАиС более 20 лет. Это была длительная и сложная работа, призванная путем системных преобразований повысить уровень подготовки семинаристов и студентов академии, приучить их к самостоятельной научной работе. В учебный процесс были введены семинары, на которых студенты в докладах осмысливали лекционный материал, к курсам лекций были составлены обязательные для самостоятельной проработки учащимися библиографические перечни, одновременно повышались требования к дипломным и курсовым работам. Не все удавалось сделать сразу: журналы совета ЛДАиС свидетельствуют, что, например, самостоятельная работа над книгами из библиографических списков внедрялась под нажимом ректора в течение несколько лет, пока не стала нормой в учебном процессе. Еще одной задачей стала корректировка содержательного наполнения учебных курсов, чтобы сделать изучение богословских дисциплин более концентрированным и избежать повторения семинарских и академических предметов.
Традиционно основные богословские курсы сначала преподавали в семинарии, а затем — по более расширенной программе — вновь читали в академии. По настоянию ректора учебные программы были переформатированы таким образом, чтобы в академии основой стала самостоятельная научная работа студентов. Одновременно началась работа по описанию в рукописном отделе Государственной публичной библиотеки им. М.Е. Салтыкова-Щедрина архивов СПбДА, Н.Н. Глубоковского, И.И. Бриллиантова.
Одним из самых сложных аспектов деятельности ректора был подбор студентов. Каждую кандидатуру необходимо было согласовывать с властями, и это была очень тяжелая работа. Патриарх Кирилл позднее вспоминал:
«Согласования списков длились по 12 часов. Это было страшно. Когда же это заканчивалось, то я видел, с каким восторгом меня ожидали мои коллеги. Мы считали победой, если неизбежные потери составили не более 10 процентов».
3 марта 1976 г. Священный Синод под председательством Патриарха Пимена принял решение о хиротонии ректора Ленинградских духовных школ во епископа Выборгского, викария Ленинградской епархии. К этому времени архимандрит Кирилл помимо ректорского нес и церковно-административное послушание — являлся председателем епархиального совета Ленинградской митрополии (это послушание сохранялось за ним все время служения в Ленинграде).
13 марта 1976 г. в храме ЛДА состоялось наречение архимандрита Кирилла во епископа, 14 марта, в Неделю Торжества Православия, в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры была совершена его епископская хиротония, которую возглавил митрополит Никодим. При вручении архипастырского жезла митрополит Никодим сказал новопоставленному епископу: «Мне ведома сила призвания твоего, настроения и желания твои, мне известен тот внутренний пламень, с которым ты служишь Спасителю мира. Таким пришел ты в духовную школу, таким стал ты священномонахом, таким был ты на всех послушаниях, куда направляла тебя Десница смотрения Божия. Послушания, которые ты проходил, и для людей с годами и жизненным опытом были бы серьезны, и трудны, и сложны, нелегки они были и для тебя в юные годы твои, но силы твоего существа, отданные навсегда Святой Церкви, ты посвящал без остатка порученному тебе делу и был верный сын послушания. Будь таким до конца твоих дней, совершая Божие дело, врученное твоему попечению, в искренней простоте и с сердечным усердием. Служи Богу твоему так, как служили Ему все избранные Им».
Спустя 40 лет Святейший Патриарх Кирилл вспоминал:
«Когда в далеком 1969 году меня рукополагали в священный сан, в тот день был праздник Благовещения Пресвятой Богородицы. Ожидая диаконской хиротонии, я внимательно слушал слова молитв. Когда был провозглашен прокимен Благовещения — "Благовестите день от дне спасение Бога нашего", — я подумал о том, что это не случайное совпадение, но что эти слова должны стать девизом моей жизни.
Когда Господь призвал меня к епископскому служению, то в силу совпадения ряда обстоятельств моя хиротония была совершена в праздник Торжества Православия. В этот день Церковь вспоминает события, произошедшие в 843 году, когда усилиями Патриарха Константинопольского Мефодия и благочестивой императрицы Феодоры Православие было окончательно утверждено после долгих лет борьбы с иконоборческой ересью. Но праздник был установлен не только потому, что Церковь нашла в себе силы победить иконоборчество, но и в знак того, что больше никаких ересей уже быть не должно. В течение почти 800 лет Церковь терзали ереси, и казалось, что VII Вселенский Собор, наконец, поставил точку. Но ведь не поставил — споры о почитании икон, иконоборческие гонения и политические интриги продолжались еще полвека. Только в 843 г. иконоборчество было окончательно побеждено, и молились православные в Константинополе о том, чтобы вместе с ересью иконоборчества ушли все другие ереси.
А мое возведение на Патриарший престол, которое состоялось 1 февраля 2009 года, выпало на день памяти святителя Марка Эфесского. Именно он в XV веке практически единолично спас Православие от унии. После того как Константинополь был предельно ослаблен нашествием сарацин, византийский император решил привлечь военную силу западных стран для отражения атак с востока. Но оказалось, что без благословения Римского Папы никто не взялся бы за меч и не пошел защищать Константинополь. Ради спасения города император принимает решение, согласно которому Православная Церковь должна подчиниться Риму, и это решение поддерживают Константинопольский Патриарх и большинство епископата. Иерархи отправляются в итальянский город Феррару, а затем во Флоренцию для участия в соборе, названном Ферраро-Флорентийским. На этом соборе все Патриархи и архиереи подписали унию с Римом, — не подписал только святитель Марк Эфесский, который понимал, что невозможно объединение в силу страха или прагматических соображений, и, что самое главное, невозможно объединение через разделение, ведь те, кто пытался объединиться с Римом, тем самым разрушали единство православного мира. Святитель Марк понял, какая беда угрожала всей Церкви, и, мужественно восстав на Ферраро-Флорентийском соборе, отверг унию. А потом политические обстоятельства изменились, и православным иерархам, подписавшим унию, пришлось от нее отказываться со стыдом и страхом, — но, наверное, этого бы не произошло, если бы не подвиг святого Марка Эфесского.
Вот эти три совпадения в моей жизни — диаконская хиротония в праздник Благовещения, с его прокимном "Благовестите день от дне спасение Бога нашего", архиерейская хиротония 40 лет назад в день Торжества Православия, торжества победы над всякой ересью, и восшествие на Патриарший престол в день памяти святителя Марка Эфесского — я не считаю случайными. Слишком много случайностей, чтобы отмахнуться от этого стечения обстоятельств и сказать, что оно ничего не значит. Именно в соответствии с этими Божественными указаниями я выбрал свой жизненный путь: благовестить день от дне спасение Бога нашего и хранить чистоту православной веры, сопротивляясь всякой ереси и всякому соблазну».
В октябре 1976 г., высоко оценив научно-образовательные достижения ЛДАиС и стремление профессорско-преподавательского коллектива во главе с ректором к повышению уровня преподавания и богословских исследований, Патриарх Пимен удостоил академию ордена равноапостольного князя Владимира 1-й степени.
В 1978 г. на обучение в регентский класс при ЛДС были приняты 4 девушки. Чтобы преодолеть сопротивление властей этой инициативе ректора, было организовано прошение православной женщины из Финляндии, выразившей желание обучаться церковному пению при академии. В 1979 г. состоялось официальное открытие регентского отделения, поддержанное председателем Учебного комитета при Священном Синоде митрополитом Таллинским и Эстонским Алексием (Ридигером; впоследствии — Патриарх Московский и всея Руси Алексий II), которое стало важным событием в жизни Ленинградских духовных школ.
Епископ Кирилл писал в те годы: «Пению в христианском богослужении отведено чрезвычайно видное место. В многочисленных произведениях древней гимнографии: стихирах, тропарях, кондаках и акафистах, положенных на музыку, раскрываются перед молящимися догматы Церкви, в них прославляются величие и благость Божии, изъясняется значение празднуемого события». Однако в послевоенный период, когда после жесточайших гонений 1920-30-х гг. вновь открылись сотни храмов, культура церковного пения уже была во многом утеряна. К концу 70-х гг. XX в. положение оставалось не многим лучше, в основном вследствие отсутствия профессиональных регентов и учебных заведений для их подготовки. Создавая регентское отделение в ЛДАиС, ректор так сформулировал свою задачу: учреждение «такой школы, которая бы явилась воплощением желаний регентов старой России, школы, в которой будущие руководители церковных хоров получили бы все необходимые знания». 1 сентября 1979 г. 20 студенток регентского отделения приступили к учебе.
Много позже, отвечая на вопросы участников Международного съезда православной молодежи, состоявшегося в Москве в 2014 году, Святейший Патриарх Кирилл вспоминал:
«В свое время, будучи ректором Ленинградских духовных школ, я с трудом убедил Священноначалие, чтобы мне дали возможность открыть регентское отделение для девушек. Это был первый опыт за всю послереволюционную историю Русской Церкви, когда богословское образование стали получать женщины, девушки. И тогда — скажу то, что никому открыто никогда не говорил, — пригласил меня к себе Святейший Патриарх Пимен и сказал: "Ну, вот, владыка, придется Вам еще и детский сад открывать при семинарии". И тогда я по молодости сказал слова, которые меня очень ко многому обязали. Я сказал: "Обещаю Вам, Ваше Святейшество, что не будет ни одного случая, за который бы мне пришлось краснеть или оправдываться перед Вами". Я приехал в Ленинград, провел первое собрание молодых людей и девушек, всех вместе, и сказал им: "Не подведите меня. Пожалуйста, общайтесь, проводите вместе время, но по-христиански". Более того, создавая эту систему, я был убежден, что решаю одновременно и огромную социальную проблему, ведь до того негде было нашим семинаристам найти невесту. А после окончания регентского класса практически все выходили замуж. И вы знаете, это счастливые браки. Встречаешь сейчас кого-то, уже не узнаешь, а у них уже дети или внуки. И как они благодарят своего бывшего ректора за то время, когда они увидели друг друга, познакомились и создали семью!»
Особой заботой ректора было преподавание древних и новых языков: были разработаны новые курсы церковнославянского языка, оборудован лингафонный кабинет, в академии в рамках преподавания греческого языка был введен курс по текстологии Нового Завета с самостоятельными работами студентов. В годы ректорства будущего Патриарха ЛДАиС фактически стали одним из крупнейших образовательных центров мирового Православия: число студентов из других Поместных Православных Церквей все время возрастало, в результате в 1981/82 учебном году был образован факультет иностранных студентов с программами преподавания русского языка. Ректору удалось организовать новые научные кафедры (кафедру литургики в 1981/82 уч. г., кафедры общецерковной истории и истории Русской Церкви и слав. Церквей в 1982/83 уч. г.).
Новые учебные курсы настоятельно требовали и других учебников. Были созданы новые или серьезно переработаны прежние пособия по Священному Писанию, основному богословию, византологии, церковной археологии, новейшей истории, истории унии (что было очень важно в связи с большим числом учащихся из западных областей Украины, где исторически позиции унии были сильны). Ректор принимал непосредственное участие в рецензировании и научном редактировании новых учебников и пособий. Важнейшей задачей духовной школы владыка Кирилл считал преодоление разрыва между русской богословской наукой, находившейся в вынужденной изоляции, и достижениями западной богословской мысли. Он поставил на систематическую основу перевод сочинений западных авторов на русский язык: «Я организовал целый цех переводчиков, которые занимались переводом современной богословской литературы как католической, так и православной. До сих пор у меня в моей личной библиотеке хранятся напечатанные на машинке эти переводы: итогов богословия двадцатого века, книг Карла Ранера, Бальтазара и так далее. И мы не держали это просто в каких-то запасниках, мы вводили всю эту литературу в учебный процесс».
Помимо административной работы ректор вел преподавательскую деятельность. Начиная с 1975/76 уч. г. он читал на 1-м курсе академии лекции по патрологии, в начале 80-х гг. также читал лекции по истории экуменизма в аспирантуре при МДА. Владыка Кирилл выступал с лекциями в богословских центрах Финляндии: в университете в Хельсинки, на пастырском семинаре в Куопио, в Турку, в отечественных академических институтах, например в Институте востоковедения АН СССР в Ленинграде, издавал свои научные статьи и исследования.
После публичной лекции «Особенности раннехристианского церковного устройства в свете решения вопроса о времени и месте происхождения Дидахи», прочитанной епископом Выборгским Кириллом 20 марта 1978 г., владыке было присвоено звание доцента 28 марта того же года.
Свою главную задачу на посту ректора владыка Кирилл видел в соединении церковного знания с нуждами современной церковной и общественной жизни: открытые и сформулированные отцами и учителями Церкви знания о Боге, Церкви, человеке необходимо вписывать в конкретный историко-культурный контекст.
За годы ректорства владыка Кирилл совершил 47 иерейских хиротоний, 52 диаконские хиротонии, 8 монашеских постригов.
Благодаря усилиям ректора представители и студенты Ленинградских духовных школ регулярно участвовали в богословских диалогах, в ассамблеях Синдесмоса, в заседаниях центрального комитета и различных рабочих групп ВСЦ. В ЛДА проводились международные семинары и конференции, на которые приглашали видных богословов из-за рубежа. В декабре 1980 г. студенты и преподаватели духовных школ смогли посетить Святую Землю. Активная международная научная деятельность Ленинградских духовных школ не только расширяла богословский кругозор преподавателей и студентов, но и способствовала укреплению авторитета и позиции ЛДА в ее противостоянии богоборческой власти.
Академическую деятельность епископ Кирилл совмещал с работой на церковно-дипломатическом поприще. Спустя полгода после хиротонии он был назначен заместителем Патриаршего экзарха Западной Европы и помогал в этом служении митрополиту Никодиму. После назначения экзархом митрополита Филарета (Вахромеева) епископу Кириллу было поручено окормление Патриарших приходов в Финляндии. В 1976 г. владыка вошел в Комиссию Священного Синода по вопросам христианского единства и межцерковных сношений (с 1979 г. Комиссия по вопросам христианского единства) и стал принимать самое активное участие в работе этого органа, в котором под председательством митрополита Никодима разрабатывалась стратегия дипломатической деятельности Русской Церкви в международной обстановке «холодной войны». Владыка Кирилл сразу стал одним из ведущих дипломатов Русской Церкви и со временем эта ответственность только возрастала.
2 сентября 1977 г. решением Патриарха Пимена владыка Кирилл был возведен в сан архиепископа. Он сопровождал Патриарха Пимена в зарубежных поездках, в том числе во время официального визита к Константинопольскому Патриарху Димитрию I (октябрь 1977 г.), участвовал в интронизации Католикоса-Патриарха всей Грузии Илии II (декабрь 1977 г.), в праздновании 1300-летия основания Болгарского государства (ноябрь 1980 г.) и др. 23 декабря 1980 г. митрополит Кирилл был назначен членом Комиссии по организации празднования 1000-летия Крещения Руси.
В октябре 1978 г. архиепископ Кирилл участвовал в собеседованиях с представителями Римско-католической Церкви, представлял Русскую Православную Церковь на 1-й встрече Смешанной Православно-Римско-католической комиссии на островах Патмос и Родос в мае-июне 1980 г. По сути, будучи с 1977 г. секретарем Межправославной технической богословской комиссии по подготовке богословского диалога с Римско-католической Церковью, владыка Кирилл во многом определил позицию Православных Церквей в этом начинающемся богословском диалоге. Принцип равенства и доверия в диалоге сохранялся до рубежа 80-х и 90-х гг. XX в., когда отношения между Православной и Католической Церквами осложнились из-за агрессивной деятельности греко-католической церкви на Украине.
Много сил требовалось для постоянной работы во Всемирном Совете Церквей, где с 1975 г. будущий Патриарх представлял Русскую Православную Церковь в качестве члена ЦК и исполкома ЦК ВСЦ, работал в комиссии «Вера и церковное устройство», в 1976 г. был включен в состав важного рабочего органа — Комитета по пересмотру программ и деятельности ВСЦ. Его избрание в ЦК ВСЦ состоялось на V ассамблее ВСЦ (Найроби, 23 ноября — 10 декабря 1975 г.). На этой ассамблее позиции православных делегаций были учтены не в полной мере: это касалось и вопросов единства Церкви, развития миссии, а также единого дня празднования Пасхи.
Через несколько дней после возвращения русской делегации Священный Синод поручил Комиссии по вопросам христианского единства и межцерковных сношений проанализировать документы ассамблеи и подготовить заявление Русской Церкви. Подготовить этот проект митрополит Никодим поручил тогда еще архимандриту Кириллу. В принятом на заседании Священного Синода 3 марта 1976 г. послании Священного Синода Русской Православной Церкви председателю ЦК ВСЦ архиепископу Эдуарду Скотту и генеральному секретарю ВСЦ д-ру Ф. Поттеру были сформулированы основополагающие тезисы отношения Русской Православной Церкви к вопросам экуменизма: «Миссионерство и "совместное свидетельство"… без достижения единства в вере и в основах канонического устройства не только не содействуют подлинному единству, но могут быть препятствием на пути к нему, принося трудно и медленно достигаемое единство в жертву внешним эффектам, когда искусственно замалчиваются вероисповедные различия перед внешним миром... По нашему глубокому убеждению, без достижения единства в вере и основах церковного устройства не может быть подлинно "общего христианского свидетельства", а следовательно, и достаточного успеха объединенных действий в миссии… Другой опасностью, серьезно угрожающей христианскому единству... является питаемая некоторыми участниками экуменического движения иллюзия, что Всемирный Совет Церквей будто бы может достичь такой степени сближения своих Церквей-членов, что одна из будущих его генеральных ассамблей превратится во Всехристианский Собор. Думать так — значит предполагать, что Всемирный Совет Церквей может в будущем стать некоей "сверх-церковью" ... Священное Писание и опыт Церкви исключают возможность конвергенции христианства с секулярными идеологиями. Именно поэтому диалог должен априори не допускать идеи таковой конвергенции. Что касается диалога с представителями нехристианских религий, то он на тех же основаниях ни в какой степени не должен вести к синкретизму. Православная Церковь не может присоединиться к позиции протестантского большинства, допускающего возможность женского священства, нередко выражающего свое отношение к этой проблеме в чуждых Божественному Откровению секулярных категориях...»
Важность этого послания была особо отмечена в докладах на 1-м Всеправославном предсоборном совещании в ноябре 1976 г. Стало очевидно, что следует принципиально усилить позиции православных Церквей в ВСЦ. Эта задача была возложена на новый состав Комиссии Священного Синода по вопросам христианского единства и межцерковных сношений, в которую был включен владыка Кирилл.
В январе 1979 г. в Кингстоне (Ямайка) на заседании ЦК ВСЦ архиепископ Кирилл вновь стал членом исполкома ВСЦ. В июле 1979 г. он возглавлял делегацию Русской Православной Церкви на Всемирной конференции «Вера, наука и будущее», проходившей в Массачусетском технологическом институте (США), и являлся президентом конференции. Его доклад «Основные аспекты христианской ответственности в перспективе ядерного разоружения» был выслушан с большим вниманием и получил поддержку форума.
В 1984 г. состоялось празднование 175-летия ЛДА. 9 октября, в день памяти апостола и евангелиста Иоанна Богослова, в академическом храме была совершена Божественная литургия, а затем в зале академии в присутствии многочисленных гостей состоялся торжественный акт, на котором архиепископ Кирилл произнес речь. 26 декабря академия праздновала 10-летие пребывания владыки Кирилла в должности ректора. Прямо во время празднования ректору принесли телеграмму, в которой сообщалось, что решением Патриарха и Священного Синода он освобождается от должности ректора и назначается архиепископом Смоленским и Вяземским. Для архиепископа Кирилла и для всего профессорско-преподавательского состава академии это было полной неожиданностью. Но не для следивших за Церковью спецслужб, у которых деятельность молодого архиепископа вызывала раздражение. В документе Ленинградского областного управления КГБ владыка Кирилл, по свидетельству бывшего начальника Смоленского областного управления КГБ А.И. Шиверских, был охарактеризован как «фанатик», который «проводит большую работу по вовлечению молодежи в православную веру», а так как он «умело использует средства массовой информации в пропаганде религии», то круг его последователей растет. Таким образом, для ссылки активного архиерея в глухую провинциальную епархию у властных структур имелось немало причин.