В мае-июне 1995 г. состоялся визит главы Японской автономной Православной Церкви митрополита Токийского Феодосия (Нагасимы) в Москву, во время которого митрополит Кирилл подробно обсудил с ним положение Японской Церкви и ее насущные проблемы.
После кончины митрополита Феодосия (7 мая 1999 г.) остро встал вопрос о замещении вдовствующей токийской кафедры. 14-15 июня 1999 г. на совещании клира Японской Церкви было принято решение представить Патриарху Алексию II и Священному Синоду Русской Православной Церкви трех кандидатов для хиротонии во епископа (вдовствующих протоиерея Кирилла Арихару и протоиерея Иуду Нусиро и целибатного священника Андрея Цудзиэ). В июле 1999 г. на внеочередном Поместном Соборе Японской Церкви, в котором принял участие заместитель митрополита Кирилла митрополит Калужский и Боровский Климент, было решено представить Священному Синоду всех трех кандидатов. В августе 1999 г. избранные кандидаты были приглашены в Россию, где в течение месяца знакомились с жизнью Русской Православной Церкви, ее епархий и монастырей. 20 августе 1999 г. в Троице-Сергиевой лавре был совершен монашеский постриг протоиерея Кирилла Арихары с именем Петр, протоиерея Иуды с именем Даниил, священника Андрея с именем Серафим. В сентябре кандидаты были возведены в сан игумена. 6 сентября решением Священного Синода игумену Петру определено быть епископом Иокогамским, викарием Токийской епархии, с поручением временного управления Токийской епархией, игумену Даниилу — епископом Киотским; 28 декабря на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви игумену Серафиму определено быть епископом Сендайским.
9 октября 1999 г. в Большом соборе в честь Донской иконы Божией Матери в Донском монастыре состоялась хиротония епископа Петра. 14 ноября в Богоявленском соборе Москвы состоялась хиротония епископа Даниила. 4-5 марта 2000 г. митрополит Кирилл принял участие в чрезвычайном Поместном Соборе Японской автономной Православной Церкви, избравшем Петра (Арихару) новым Предстоятелем Японской Церкви. Однако в связи с быстро развивавшимся онкологическим заболеванием митрополит Петр (скончался 10 мая 2000 г.) уже в апреле направил Патриарху Алексию II послание с просьбой об отставке с должности Предстоятеля. В ответном послании от 24 апреля 2000 г. Патриарх с глубоким сожалением принял отставку и благословил созыв Внеочередного Поместного Собора Японской Церкви. На Соборе, открывшемся 14 мая 2000 г., был избран новый Предстоятель Японской Церкви епископ Даниил (Нусиро). В эти переломные для Японской Церкви дни состоялся Первосвятительский визит в Японию Патриарха Алексия II в сопровождении митрополита Кирилла. Патриарх Алексий возглавил интронизацию митрополита Даниила 14 мая 2000 г. в Токийском кафедральном соборе; на встречах с императором Японии, премьер-министром и министром иностранных дел обсуждалась деятельность Японской Православной Церкви.
В 2005 г. по просьбе Токийского митрополита Даниила (Нусиро) в его распоряжение был направлен иеромонах Троице-Сергиевой лавры Герасим (Шевцов), который стал настоятелем первого в Японии монастыря, освященного в 2006 г. в честь равноапостольного Николая Японского. 12 сентября 2008 г. в Токио митрополит Кирилл совершил освящение новопостроенного храма во имя святого благоверного князя Александра Невского. В ходе визита в Японию состоялась встреча митрополита Кирилла с митрополитом Токийским и всей Японии Даниилом; они обсуждали актуальные вопросы жизни Японской Автономной Православной Церкви и перспективы развития Православия в Японии.