На заседании Священного Синода от 19 апреля 1985 г. к Смоленской епархии был присоединен еще один приход, образовавшийся в Калининграде. Он стал первым и в тот момент единственным православным приходом на всю Калининградскую область, архипастырское окормление которой также поручили Смоленскому архиепископу Кириллу. Сразу после регистрации прихода перед владыкой встал вопрос о выборе места для возведения храма. После долгих и трудных переговоров с региональным партийным руководством новорожденному приходу был выделен участок, где стояла полуразрушенная и руинированная бывшая кирха Юдиттен. Посещение архиепископом Кириллом этого места было ознаменовано устроением временного домового православного храма, после чего число прихожан стало расти стремительно, и церковное здание было восстановлено за 8 месяцев, то есть еще до истечения первого года со дня начала архиерейского окормления Калининградской земли Смоленским архиепископом.
В 1986 г. в Калининградской области был образован второй приход — в городе Советске, а затем в рождающейся православной епархии ежегодно открывалось по несколько новых приходов. Так, в областном центре — Калининграде — Русской Церкви было передано несколько зданий бывших немецких кирх. Сегодня в их стенах действуют кафедральный Крестовоздвиженский собор, храм Покрова Божией Матери, храм Рождества Пресвятой Богородицы. В итоге по благословению Священноначалия было образовано эксклавное Калининградское благочиние в составе Смоленской епархии. А своим определением от 10-11 апреля 1989 г. Священный Синод изменил титулатуру правящего архиерея на «архиепископ Смоленский и Калининградский».
К началу 1990 г. в двусоставной епархии действовало около 80 приходов, в основном в Смоленской области, и ежегодно появлялись новые православные общины: в 1992 г. — 11 в Смоленской области и 7 в Калининградской области, в 1993 г. — соответственно 6 и 5 новых приходов, в 1994 г. — 4 и 1 новые общины и т.д.