В 1998 г. под руководством митрополита Кирилла шла кропотливая работа над новым Гражданским уставом Русской Православной Церкви. 29 декабря 1998 г. Патриарх Алексий II сообщил Священному Синоду о регистрации нового Гражданского устава Русской Православной Церкви Министерством юстиции РФ (зарегистрирован 23 ноября).
Перед митрополитом Кириллом как председателем Синодальной комиссии по внесению поправок в Устав об управлении Русской Православной Церкви встала задача в кратчайшие сроки подготовить столь существенные поправки в действующий Устав об управлении Русской Православной Церкви, что по сути речь шла о разработке нового канонического документа. Требовалось дать более четкое определение канонической территории и церковной диаспоры, утвердить новый статус церковных институтов в странах Содружества Независимых Государств и Балтии, очертить компетенцию новых синодальных учреждений, духовных школ, производственных учреждений Русской Православной Церкви, более четко прописать сферу деятельности церковного суда. В течение двух лет в Синод были представлены и получили одобрение типовые уставы епархий, приходов, монастырей, подворий и др. церковных подразделений. На Архиерейском Юбилейном Соборе 2000 г. митрополит Кирилл представил проект нового Устава Русской Православной Церкви, который заменил Устав 1988 г.
Новый Устав Русской Православной Церкви и «Основы социальной концепции» дали правовой базис для все более расширявшейся деятельности Церкви, в которой принимали участие уже сотни тысяч мирян из многих стран. Церковно-общественные и церковно-государственные отношения охватывали все новые темы и сферы сотрудничества. На Архиерейском Соборе 2008 г. отмечалось, что «предметом взаимных консультаций и общих усилий все чаще являются не только вопросы, относящиеся к узкоцерковным интересам, но также проблемы общенационального и международного значения, такие как забота о нравственном воспитании юношества, поддержка семьи, противостояние наркомании, алкоголизму и другим общественно опасным порокам».