В 1993 г. митрополит Кирилл во главе делегации Русской Православной Церкви посетил Китай, вскоре состоялся ответный визит китайской церковной делегации во главе со священником Григорием Чжу. Так начался многолетний труд по восстановлению Православия в Китае. 31 января 1994 г. вступило в силу «Положение о регулировании религиозной деятельности иностранных граждан на территории КНР», позволяющее иностранным священнослужителям «совершать богослужения по приглашению китайских религиозных организаций и при согласии Управления по делам религии при Госсовете КНР». В 1996 г. настоятель харбинского прихода (Китайская Автономная Православная Церковь (КАПЦ)) священник Григорий Чжу получил из Московской Патриархии миро и антиминс. В феврале 1997 г. Священный Синод по докладу митрополита Кирилла поручил ему решение «практических вопросов по урегулированию православной жизни в Китае в рамках, соответствующих китайскому законодательству».
Тогда же митрополит Кирилл сформулировал принципиальный подход Русской Православной Церкви к возрождению Православия в Китае:
«Китай является зоной пастырской ответственности для Русской Православной Церкви до момента восстановления в полноте иерархии Китайской Автономной Православной Церкви. Китай не территория миссии для Русской Православной Церкви, а каноническая территория автономной Церкви, жизнь которой регулируется канонами вселенского Православия, внутренними определениями Китайской Автономной Церкви и китайским национальным законодательством».
2 июня 1999 г. митрополит Кирилл принял в ОВЦС делегацию Центра по изучению христианства Академии общественных наук КНР, в беседе с которой обсуждалось современное положение Китайской Автономной Православной Церкви и расширение контактов Русской Православной Церкви с научными, культурными и деловыми организациями КНР.
В начале 2000-х гг. Русская Православная Церковь приступила к системному возрождению КАПЦ: по решению Священного Синода от 27 декабря 2000 г. временное попечение о пастве КАПЦ в автономном районе КНР Внутренняя Монголия было возложено на епископа Читинского и Забайкальского, действовавшего в координации с ОВЦС. Непростые переговоры о православных общинах в Китае вел митрополит Кирилл во время визитов в КНР в 2001, 2002 и 2003 гг. В 2007 г. в КНР проживало около 15 тысяч православных (в основном в Пекине, Шанхае, провинции Хэйлунцзян, автономных районах Синьцзян-Уйгурский и Внутренняя Монголия). В 2008 г. был восстановлен православный приход в Сянгане (Гонконге).
Работа Русской Православной Церкви по восстановлению Православия в Китае сталкивалась с трудностями правового и административного характера и межцерковными проблемами: в январе 2008 г. свои права на Китай заявил Константинопольский Патриархат, включивший в юрисдикцию учрежденной в 1996 г. митрополии Гонконга КНР и ряд государств Юго-Восточной Азии. В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви по этому вопросу вновь было сказано, что, поскольку в настоящее время КАПЦ не имеет своего Предстоятеля, впредь до его избрания Поместным Собором этой Церкви в соответствии с православными канонами управление епархиями КАПЦ осуществляется Предстоятелем Матери-Церкви — Патриархом Московским и всея Руси.