Как верная дочь Японская Автономная Православная Церковь хранит и развивает тесные связи с Предстоятелем Церкви-Матери — Патриархом Московским и всея Руси Кириллом. Митрополит Токийский и всея Японии Даниил принимал участие в Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 2009 г. и в Патриаршей интронизации владыки Кирилла. Предстоятель Японской Автономной Православной Церкви принял активное участие в работе Архиерейского Собора Русской Православной Церкви 2017 г. и торжествах по случаю 100-летия восстановления Патриаршества в Русской Православной Церкви, а в мае 2018 г. нанес визит в Россию для поздравления Святейшего Патриарха Кирилла и с днем тезоименитства.
В 2012 г., в 100-летнюю годовщину преставления святителя Николая Японского, Святейший Патриарх Кирилл посетил Японию с Первосвятительским визитом, повторив путь равноапостольного Николая от Хакодатэ до Токио.
Предстоятель Русской Православной Церкви посетил также центр Восточно-Японской епархии город Сендай и его окрестности. Именно они наиболее пострадали от землетрясения и цунами в 2010 г. Русская Церковь сразу откликнулась на эту беду: в храмах и монастырях Русской Православной Церкви было собрано более 1 млн долларов для помощи пострадавшим.
В ходе визита в Японскую Церковь Святейший Патриарх Кирилл засвидетельствовал, что «одна из причин успеха миссии святителя Николая — это подлинное отождествление себя с культурой того народа, которому он проповедовал. Он полюбил этот народ, и японцы, почувствовав его искренность, ответили ему любовью, и сегодня мы радуемся тому, что Японская Православная Церковь, получившая права автономии от Русской Православной Церкви, продолжает свое служение».