Наступило время восстанавливать исторически сложившийся в России межконфессиональный мир, и эта задача также была поручена ОВЦС и митрополиту Кириллу. 23 декабря 1998 г. в ОВЦС по инициативе владыки состоялась встреча глав и представителей традиционных российских религиозных объединений: Русской Православной Церкви, общин последователей ислама, иудаизма и буддизма, на которой было принято решение о создании Межрелигиозного совета России с постоянно действующим секретариатом и были избраны пять членов президиума: митрополит Кирилл, верховный муфтий Талгат Таджуддин, муфтий Р. Гайнутдин, главный раввин России Адольф Шаевич и пандито хамбо-лама Дамба Аюшеев.
Таким образом, представители четырех традиционных религий, поддерживающих диалог со времени существования СССР, образовали коллегиальный орган для обсуждения и поиска путей решения наиболее сложных и болезненных проблем в национальной и конфессиональной сферах жизни современной России. Удалось добиться сплочения лидеров всех традиционных религий в отношении к террористическим актам и экстремистским учениям, все чаще использующим религиозную риторику и ищущим оправдание бесчеловечным преступлениям в священных текстах:
«Мы отдаем себе отчет в том, что в исторических религиозных традициях подчас присутствует оправдание использования силы для насаждения и утверждения веры. Однако сегодня, в условиях, когда мирное человеческое общежитие особенно хрупко, мы призываем верующих обновить миротворческий потенциал религиозных идеалов и ценностей. Пусть мудрая умеренность, миросозидающая терпимость и братская любовь помогут отойти от опасной черты. Заявляем, что терроризм и неправедное насилие, чем бы они ни прикрывались, подлежат безусловному и последовательному искоренению».
Межрелигиозный совет России позволил консолидировать позиции руководства основных конфессий страны по наиболее актуальным вопросам современной жизни: межнациональным конфликтам, защите традиционных ценностей, прав молодежи, деятельности тоталитарных сект, необходимости ограничения игорного бизнеса и т. д. В сентябре 2004 г. Межрелигиозный совет России выступил с инициативой учреждения нового общенационального государственного праздника — Дня народного единства, который с 2005 г. отмечается 4 ноября, в день празднования в честь Казанской иконы Божией Матери.
В 2003 г. в Астане был проведен Съезд мировых и традиционно-национальных религий, в 2000 и 2004 гг. прошли первый и второй Межрелигиозные миротворческие форумы, инициатором созыва которых был митрополит Кирилл. На втором форуме при поддержке президентов России, Азербайджана, Грузии и Армении состоялось учреждение Межрелигиозного совета СНГ. Важнейшим событием стал Всемирный саммит религиозных лидеров, состоявшийся в 2006 г. в Москве. Штаб по подготовке саммита возглавлял митрополит Кирилл.