Одним из главных событий 2013 года стал Освященный Архиерейский Собор, проходивший со 2 по 5 февраля, в котором приняли участие 280 иерархов, из которых 88 были рукоположены с 2009 под 2012 год.
Священный Синод собирался 7 раз, заседания проходили во всех синодальных столицах Церкви: Москве, Киеве и Санкт-Петербурге.
Архиерейским Собором был поддержан курс на образование новых епархий и митрополий, в связи с чем в 2013 году было образовано 23 новых епархии и 13 новых митрополий (Астраханская, Брянская, Владимирская, Воронежская, Калужская, Карельская, Кубанская, Липецкая, Мурманская, Санкт-Петербургская, Тобольская, Томская, Удмуртская). На конец 2013 года в Русской Православной Церкви насчитывалось 44 митрополии, 269 епархий, из них 160 в России. Общее число епархий за пять лет возросло на 110, а в России — на 91 епархию.
Высший Церковный Совет собирался 5 раз. Важным результатом деятельности Священного Синода и Высшего Церковного Совета стало формирование системы подготовки при духовных учебных заведениях епархиальных, благочиннических и приходских специалистов в области миссии, религиозного образования и катехизации, молодежной и социальной работы.
С 10 по 15 мая состоялся первый в истории визит Предстоятеля Русской Православной Церкви в Китай. Встреча Его Святейшества с Председателем Китайской Народной Республики Си Цзиньпином стала первой в истории встречей руководителя КНР с главой христианской Церкви.
С 1 по 7 июня по приглашению Блаженнейшего Архиепископа Афинского и всей Эллады Иеронима и Священного Синода Элладской Православной Церкви Святейший Патриарх Кирилл посетил Грецию и совершил паломничество на Святую Гору Афон.
С 4 по 7 сентября состоялся визит Его Святейшества в Сербскую Православную Церковь. По приглашению Святейшего Патриарха Сербского Иринея Предстоятели и высокие представители Поместных Православных Церквей приняли участие в торжественном праздновании 1700-летия Миланского эдикта — акта, заложившего основы христианской Европы.
В 2013 году Святейший Патриарх Кирилл посетил Эстонию, Украину, Белоруссию, Молдову, а также 12 епархий в России. В ходе посещения Православной Церкви Молдовы Святейший Владыка принял участие в торжествах, посвященных 200-летию Кишиневско-Молдавской митрополии, а также побывал в Тираспольско-Дубоссарской епархии, встретился с многочисленными верующими Приднестровья.
Патриарх возглавил в 2013 году 237 богослужений, совершил в сослужении архипастырей 22 епископские хиротонии. В конце 2013 года епископат Русской Православной Церкви насчитывал 312 Преосвященных, из них 249 правящих. Всего в России насчитывалось 176 архиереев, из них 147 управляющих епархиями.
Святейший Владыка совершил 43 священнических хиротонии. Его Святейшеством было освящено 36 храмов, часовен и закладных камней в основание будущих церквей.
В рамках поддержания и развития диалога Церкви с высшими органами государственной власти Патриарх многократно встречался с Президентом Российской Федерации В.В. Путиным и Председателем Правительства России Д.А. Медведевым, мэром Москвы С.С. Собяниным. Кроме того, в 2013 году проходили многочисленные рабочие встречи с членами Правительства России, Полномочными представителями Президента в Федеральных округах, с главами зарубежных государств и правительств, Чрезвычайными и Полномочными Послами ряда стран.
Святейший Владыка возглавил празднование 1025-летия Крещения Руси, включившее принесение в пределы Московского Патриархата Креста апостола Андрея Первозванного из города Патры. В рамках празднования состоялся крестный ход с мощами святого равноапостольного князя Владимира, прошедший по России от Владивостока до Калининграда, затем по Украине и Белоруссии и завершившийся в Москве. В праздновании 1025-летия Крещения Руси приняли участие делегации всех Поместных Православных Церквей; в трех столицах братских славянских стран были совершены соборные Божественные литургии; главы делегаций имели возможность встречи с Президентами Российской Федерации, Украины и Белоруссии. Предстоятели и представители Поместных Православных Церквей приняли совместное заявление относительно положения христиан на Ближнем Востоке, текст которого, в частности, был передан Президенту России В.В. Путину.
Еще одной важной памятной датой 2013 года стало 400-летие дома Романовых. 6 марта, в день 400-летия избрания на царство Михаила Федоровича Романова, была совершена Божественная литургия в Патриаршем Успенском соборе Московского Кремля. Прошли торжественные богослужения и мероприятия с участием Патриарха в Москве, Санкт-Петербурге, Екатеринбурге. 4 ноября 2013 года в Центральном выставочном зале «Манеж» открылась выставка-форум «Православная Русь — ко Дню народного единства. Романовы». К открытию форума из костромского Богоявленского Анастасиева монастыря в Москву был принесен чудотворный Феодоровский образ Божией Матери, которым в XVII веке юного Михаила Федоровича Романова благословила на царство его мать. Также 4 ноября состоялось открытие восстановленного Романовского обелиска в Александровском саду.
Летопись Патриаршего служения в 2013 году