До 1985 г. в Калининграде и во всей Калининградской области не было ни одного православного храма, а открывшиеся в дальнейшем приходы действовали, как правило, в стенах немецких культовых сооружений, которые нуждались в реставрации.
В апреле 1992 года в г. Светлом был освящен первый построенный в Калининградской области храм — в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. В 1994 г. церковной общине Гурьевска было дано разрешение на строительство храма Вознесения Господня. В 1997 г. были завершены восстановительные работы в храме Рождества Пресвятой Богородицы в Калининграде.
В 1995 г. по инициативе митрополита Кирилла в Калининграде началось строительство кафедрального собора Христа Спасителя. 30 апреля 1995 г., в день празднования 10-летия Православия на Калининградской земле, от Крестовоздвиженского собора к скверу на площади Победы прошел общегородской крестный ход. После молебна на месте будущего храма митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом был освящен закладной камень, а также установлен деревянный крест. Будущий собор мыслился как символ православного присутствия на Калининградской земле. Проект пятиглавого белокаменного собора с золотыми куполами был выполнен в соответствии с канонами и традициями русского храмового зодчества.
О том, с какими трудностями пришлось столкнуться, Святейший Патриарх Кирилл вспоминал впоследствии:
«Есть противники Православной Церкви — в основном это представители сектантских и языческих сообществ. Расскажу вам кратко историю строительства кафедрального собора в Калининграде. Вы знаете, что величественный собор возведен на главной площади, где бывали парады и демонстрации, где когда-то стоял Вильгельм, потом Ленин. Как раз на том месте, где сейчас собор, была огромная цветочная клумба, розарий. Так вот, в 90-е годы в душах калининградцев царило смятение. Кто-то говорил, что Калининград давно продан немцам, что незачем связывать с ним будущее, так что начался даже отток населения. Ко мне как к митрополиту Калининградскому стали обращаться с просьбой: вы что-то сделайте, как-то повлияйте, а то страшно стало жить в этом городе. Вот тогда я выступил по телевидению и сказал: нам нужно построить кафедральный собор, потому что все культовые здания в Калининграде, которые использовала Русская Православная Церковь, — это бывшие лютеранские кирхи. Мы их восстановили из руин, переоборудовали, но это не наша русская архитектура. Для того чтобы кафедральный собор стал символом города, символом русского города, нужно построить его в центре — на месте этой самой клумбы, рядом с главной площадью. Реакция была, кстати, очень неплохая, хотя власти перепугались и стали возражать: нет, лучше подальше, где парк. Я отвечаю: нет, именно здесь надо строить, если вы хотите снять напряжение и изменить культурный облик города.
Так как власти были не очень настроены идти навстречу, я предложил провести городской референдум. Референдум проводить дорого, поэтому ограничились социологическим опросом. В результате 74% высказались за строительство храма в центре, и власти согласились. Не власти — мы сами строили, это целая история, не буду сейчас об этом говорить. Но главное, что власти дали согласие. А для закладки камня я решил привезти на это место и установить большой крест. И вот мы выступили крестным ходом от действующего кафедрального собора (на самом деле, небольшой кирхи) до места закладки, неся через центр города шестиметровый крест. Идем по главной улице, и вдруг наперерез нам человек сорок, с искаженными злобой лицами. Они плевали, кричали, топали — бесовщина! Мне говорят: смотрите, это коммунисты все устраивают. Я отвечаю: это не коммунисты, так коммунисты себя не ведут, это совсем другая публика. Оказалось, это были сектанты, которые не переносят изображения креста. Мы поставили крест — через три дня его спалили. Тогда мы установили 12-метровый крест из металла, который стоял до тех пор, пока не возвели временный храм».
23 июня 1996 г. митрополит Кирилл вместе с Президентом России Б.Н. Ельциным вложил в фундамент строящегося храма символическую капсулу с землей, принесенной в Калининград от соименного московского Храма Христа Спасителя. В конце июня 1996 г. рядом со стройплощадкой собора был сооружен деревянный малый собор Христа Спасителя. Этот храм был освящен митрополитом Калининградским и Смоленским Кириллом в честь Нерукотворного образа Господня. Первое праздничное богослужение состоялось 27 сентября 1996 г. Этот храм простоял рядом со строящимся собором до 2009 г., после чего был разобран и собран вновь в калининградском микрорайоне «Сельма».
Архитектурный строй ансамбля кафедрального собора Христа Спасителя разработан в стиле владимиро-суздальского храмового зодчества, который удачно сочетается с достижениями в области современной архитектуры и дизайна. Общая высота собора 69 метров. Площадь остекления более 1000 кв. м, площадь гранитно-мраморной облицовки и полов около 11 тыс. кв. м. На звоннице храма находятся 13 колоколов, самый большой из которых весит 14 т. Верхний храм кафедрального собора вместимостью в 3 тыс. человек посвящен празднику Рождества Христова. Нижний храм в честь Нерукотворного образа Христа Спасителя (Убрус) находится в цокольном этаже стилобата и рассчитан на 400 человек. Инфраструктура храма включает в себя детские классы церковно-приходской школы, конференц-зал, трапезную.
10 сентября 2006 г. Патриарх Алексий II освятил верхний храм в честь Рождества Христова в новом кафедральном соборе Калининграда. На освящение храма прибыл Президент России В.В. Путин, выразивший уверенность в том, что «это величественное сооружение превратится в духовный центр, который будет способствовать развитию дружбы и взаимодействия во всем Балтийском регионе Европы».
Нижний храм во имя Нерукотворного Спаса освящен 27 сентября 2007 г. митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом. В храме был установлен переданный в 1996 г. Свято-Князь-Владимирским братством из Германии «Мемельский» иконостас, созданный во время Семилетней войны для русского гарнизона в Мемеле (ныне г. Клайпеда).
По окончании богослужения в уже полностью благоукрашенном калининградском кафедральном храме Христа Спасителя в ноябре 2018 г. Святейший Патриарх Кирилл рассказал:
«Собор строился долго. А если принять во внимание экономические кризисы, которые имели место в нашем Отечестве в минувшие годы, то неудивительно, что продолжение строительства порой казалось просто чудом Божиим. Помню, как в кризисные годы все останавливалось, ничего не строилось, нигде не стучал молоток, не пилилось дерево, не складывались кирпичи, и только в здесь, Калининграде, на этом самом месте, строительство собора никогда не прекращалось. Хотя средств практически не было, я настаивал, чтобы стройка не прекращалась ни на один день. Пусть будут работать два человека, трое, пятеро, — но стройка должна идти. И помню, как калининградцы удивлялись, что в такое тяжелое время, в разгар глубокого экономического кризиса, собор строился. Пусть малыми шагами (действительно, на строительстве иногда оставалось пять-десять человек), но стройка шла, и никогда не было сомнений в том, что собор будет построен. Потому что храм строился как великий символ воскрешения веры в нашем народе — здесь, в Калининградской области, где в течение сорока лет не было ни одного места для молитвы, где люди не знали, как перекреститься, как к священнику под благословение подойти.
Этот собор действительно является неким символом возрождения. И дай Бог, чтобы мы, взирая на этот символ, укреплялись в вере, чтобы мы понимали, что добрые дела, которые сопровождаются молитвой, всегда привлекают благодать Божию, а значит, ведут к успеху. Храм прекрасен как изнутри, так и снаружи, особенно в это вечернее время, когда через огромные окна подсвечена замечательная роспись. Те, кто проходит мимо храма, видят эту красоту. Но я хотел бы сказать вот о чем: главным украшением храма являются люди, которые собираются для молитвы. Люди, которые обращают к Богу свои прошения, в сердцах которых — сильная вера. И дай Бог, чтобы все наши храмы были наполнены народом так, как сегодня в этот торжественный праздничный вечер наполнен кафедральный храм Христа Спасителя в городе Калининграде. Для этого все мы должны трудиться, в первую очередь архипастыри и пастыри, не щадя жизни своей в полном смысле слова. Никогда не следует поступать так, чтобы личный интерес, личные жизненные цели закрывали перед духовным взором самую главную цель — дерзновенное служение Господу и своему народу. Надеюсь, духовенство Калининградской митрополии и далее продолжит свое служение во благо Церкви, Отечества и Калининградской земли».
В 1997 г. по благословению митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла был установлен и освящен крест на месте строительства будущего храма на горе Школьной в городе Балтийске. Однако строительство храма (первоначально в честь святого праведного воина Феодора Ушакова) началось только в 2007 г. 12 октября 2011 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл во время своего Первосвятительского визита в Калининградскую епархию освятил этот храм в честь святого благоверного великого князя Александра Невского и поделился воспоминаниями:
«Я испытываю сегодня особое состояние духа, вспоминая, как очень давно, может быть, лет пятнадцать назад, я поднялся на этот холм, чтобы сказать, что именно здесь должен быть построен кафедральный собор Балтийска. Впоследствии трудные экономические обстоятельства помешали воплотить в жизнь этот замысел, и можете себе представить, с каким чувством подъехал я сегодня к этому златоглавому собору, увидел величие дивного храма, в строительстве которого воплощена сильная вера наших людей — тех, кто молитвами своими поддерживал строительство, собирание приходской общины, и тех, кто живет за тысячи километров отсюда, но кто осознал важность строительства храма Александра Невского на западном порубежье России и внес свои материальные средства, чтобы возвести этот храм.
Я благодарю также за жертвы всех жителей Калининграда и Калининградской области, ибо это строительство стало не просто созиданием некоей материальной ценности, художественной и культурной доминанты Балтийска — наше общее деяние стало созиданием духовной крепости, в которой так нуждается наше Отечество».
Посещая Калининградскую епархию в 2018 г., Святейший Патриарх Кирилл освятил памятник святому благоверному князю Александру Невскому на территории храма в г. Балтийске и обратился к собравшимся: «С этим городом и с этим храмом многое связано в моей жизни. Когда я был митрополитом, в том числе Калининградским, то как многие из вас, может быть, помнят, достаточно регулярно посещал город Балтийск и совершал богослужения, посещал корабли Балтийского флота, общался с личным составом, встречался с прихожанами. И всякий раз посещение этого города было для меня событием. Но сегодня это особое событие, потому что мы освятим памятник в честь святого благоверного великого князя Александра Невского, замечательного правителя Руси, героя и святого, защитника Отечества нашего, являющего немеркнущий образ того, каким должен быть идеальный государственный деятель. В первую очередь, он должен беззаветно любить Бога и народ свой, свою страну, и быть героем в том смысле, чтобы в самый сложный момент, когда это потребуется, быть готовым жизнь свою отдать за Отечество».
В то же время в Калининградской области попечением правящего архиерея были основаны первые православные обители: Калининградский во имя святителя Николая Чудотворца женский монастырь (1998 г.) и Приозерский во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы Феодоровны женский монастырь (2000 г.).