В трагические дни августовского кризиса 1991 г. Церковь оказалась перед новым вызовом: обретая общественный авторитет, она впервые за многие десятилетия должна была сформулировать свое отношение к текущим политическим событиям и сделать это в условиях, когда на нее оказывалось сильнейшее давление. Митрополит Кирилл вспоминал, что решено было при выработке позиции Церкви исходить из православного учения о Церкви и государстве, а не из прагматических соображений:
«Церковь по природе своей не может быть ни в оппозиции, ни во власти… основное для Церкви — дело человеческого спасения. Ничем другим она не занимается. Поэтому все проблемы, что ей приходится решать, должны рассматриваться с этой точки зрения».
По предложению митрополита Кирилла Патриарх Алексий II, совершавший 19 августа, в праздник Преображения Господня, торжественное богослужение в Успенском соборе Московского Кремля, отказался поминать государственную власть. А в ночь с 20 на 21 августа голос Церкви прозвучал на всю страну: Патриарх Алексий выступил с публичным обращением, проект которого готовился в ОВЦС под руководством митрополита Кирилла:
«Братья и сестры! Взорван хрупкий гражданский мир в нашем обществе. По поступающим сообщениям, начинается открытое вооруженное столкновение и кровопролитие. В этих условиях мой долг Патриарха предупредить всех, кому слово Церкви дорого и небезразлично: всякий, кто поднимает оружие на своего ближнего, против безоружных людей, — принимает на душу тягчайший грех, отлучающий его от Церкви, от Бога. О таковых подобало бы проливать больше слез и молитв, чем об их жертвах. Да избавит нас Господь от страшного греха братоубийства! Потому и предупреждаю я всех соотечественников: Церковь не благословляет, не может благословить беззаконные, насильственные, кровопролитные действия. Я прошу всех вас, дорогие, сделать все, чтобы не вспыхнул пламень междоусобной войны. Остановитесь! Я прошу солдат и их командиров вспомнить, что цену за человеческую жизнь не может назначить и уплатить никто».
Патриарх Алексий выступил в поддержку Конституции и потребовал возможности «услышать голос» М.С. Горбачева.
Августовский кризис привел к окончательному распаду СССР. Спустя 20 лет Патриарх Кирилл говорил: «В этом году мы вспоминаем 20-летие крушения Советского Союза. Я в связи с этим предпочитаю говорить о крушении исторической России. Так вот, многие задаются вопросом: почему это произошло? Существует много ответов экономических, политических, общественно-психологических. Но среди причин, несомненно, упадок национального самосознания, национальной гордости, восприятия истории Отечества во всей ее совокупности, понимания огромного значения исторической общности людей… Мы все должны заботиться и о росте национального самосознания, о росте национального достоинства, для того чтобы больше никогда в истории не повторилось то, что произошло в начале 1990-х годов. И чтобы никакие ссылки на неудовлетворительное правление, на неправильную идеологию не подталкивали людей к тому, чтобы разрушить государственность. Потому что целились в режим, а попали в историческую Россию».
Возвысить свой голос против кровопролития Церкви пришлось и в дни октябрьского кризиса 1993 г., когда противостояние между Президентом России Б.Н. Ельциным и его политическими оппонентами — вице-президентом А.В. Руцким и Председателем Верховного Совета Р.И. Хасбулатовым — поставило страну на грань гражданской войны. 21 сентября Б.Н. Ельцин издал указ № 1400 о роспуске Верховного Совета. Оппоненты расценили это решение как государственный переворот, а Конституционный суд РФ признал его незаконным. Оппозиционеры заняли здание Верховного Совета (Белый дом), к которому стали стягиваться добровольцы со всех концов страны. Образовался стихийный митинг, продолжавшийся несколько дней. Патриарх Алексий в это время находился в США. 23 сентября в аэропорту Сан-Франциско он сделал заявление, в котором призвал все ветви власти воздержаться от любого рода насильственных действий. Однако, поскольку кризис продолжался, по предложению митрополита Кирилла Патриарх прервал свою поездку по США и вылетел в Москву. Во время полета между Патриархом и митрополитом шли интенсивные консультации, был выработан план действий. 28 сентября в Москве Патриарх выступил с беспрецедентным заявлением: он предложил враждующим сторонам свое посредничество в деле урегулирования конфликта. 29 сентября Патриарх принял мэра Москвы Ю.М. Лужкова, стоявшего на стороне президента, а затем встретился с группой депутатов Верховного Совета. На следующий день Патриарх вместе с митрополитами Ювеналием и Кириллом посетил Президента Б.Н. Ельцина в Кремле. В тот же день иерархи приняли личного представителя Руцкого, который передал послание вице-президента России, выражающее согласие с миротворческой инициативой Патриарха и готовность не допустить кровопролитие. В письме говорилось, что Руцкой согласен сложить оружие. Противоборствующие стороны решили провести переговоры при посредничестве Церкви.
В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви от 1 октября 1993 г. говорилось:
«Из нынешнего опасного тупика есть только один достойный выход: диалог, сопряженный с соблюдением законного порядка и отказом от насилия. Человеческая кровь не может пролиться ни при каких условиях. Иначе всякая надежда на мир будет потеряна, ибо пролитая кровь моментально воздвигает непреодолимую стену между вовлеченными в конфликт людьми. Мы должны понять, что никакие разногласия не дают нам права относиться друг к другу как к врагам. Мы убеждены: никто из противостоящих ныне людей не враг друг другу. Пусть каждый из них вспомнит, что по другую сторону баррикад — его брат и сестра, к которым нужно проявить милосердие».
Церковь осознавала и главную политическую опасность смуты, в которую погрузилась Россия, — «распад единства России».
Предваряя прямые переговоры противоборствующих сторон, высшая иерархия Русской Православной Церкви предупредила: «Властью, данной нам от Бога, мы заявляем, что тот, кто поднимет руку на беззащитного и прольет невинную кровь, будет отлучен от Церкви и предан анафеме».
Переговоры в Свято-Даниловом монастыре, начавшиеся 1 октября, шли трудно: были предложены различные варианты решения, которые, однако, были отвергнуты противоборствующими сторонами, переговоры прервались, и вооруженный конфликт возобновился. 3 октября Б.Н. Ельцин подписал указ о введении чрезвычайного положения, начался обстрел Белого дома из танков, в здании вспыхнул пожар. 4 октября Белый дом был взят штурмом, все находившиеся там сторонники Верховного Совета были выведены из здания бойцами спецподразделения «Альфа». В ходе операции погибли как военные, так и мирные жители, собравшиеся вокруг здания Верховного Совета. 8 октября, в день памяти преподобного Сергия Радонежского, было принято обращение Патриарха и Священного Синода к пастве Русской Православной Церкви:
«С горечью и скорбью ныне говорим: велики грехи народа нашего! Он не услышал призыв Церкви. Брат поднял руку на брата, пролив кровь ближнего своего. Нет нам сегодня оправдания. Мы наказаны по грехам нашим, ибо отвергли пути мира и направили стопы свои на путь вражды… Что будет дальше с Россией — зависит от нас... Все мы сегодня под духовными руинами. И надо помочь друг другу выбраться из-под этих руин, расчистить их и в мире и согласии снова воздвигать дом наш… Как можно скорее необходимо вернуться к мирной жизни, к обеспечению человеческих прав и гражданских свобод, к установлению законного порядка в стране. Надо оставить все распри и созидать жизнь нашего отечества».
Хотя посредничество Церкви не принесло желаемого результата, все участники событий согласны в том, что без этого посредничества события могли развернуться по значительно худшему сценарию. Патриарх Алексий впоследствии сказал: «Политический кризис 1993 г. мог обернуться большой кровью и распадом государства на удельные княжества».