Одной из основных забот владыки Кирилла как председателя ОВЦС было духовное окормление многомиллионной русской диаспоры, создание приходов и строительство храмов в дальнем зарубежье, налаживание контактов с соотечественниками за рубежом, собирание «Русского мира». Открытие границ, глубокий экономический кризис в странах бывшего СССР, политическая напряженность и межэтнические конфликты стали причиной новой многомиллионной волны эмиграции. Значительную часть трудовой эмиграции 90-х гг. XX в. составляли православные верующие, окормление которых в «странах рассеяния» стало насущной задачей Русской Православной Церкви. Выступая в октябре 2001 г. на первом Конгрессе соотечественников, проживающих за рубежом, митрополит Кирилл заявил о необходимости преодоления разделений по политическому признаку. На Всемирном конгрессе соотечественников, проживающих за рубежом, состоявшемся в Санкт-Петербурге через пять лет, владыка Кирилл представил концепцию «Русского мира» как феномена, порождаемого «совокупностью определенных ценностей и исторического опыта, которая влияет на личное и общественное бытие людей, относящих себя к русской культуре». Ценностями для человека «Русского мира» «являются преданность Богу, любовь к Родине, человеколюбие, справедливость, межнациональный и межрелигиозный мир, стремление к знаниям, трудолюбие».
Говоря о роли Русской Православной Церкви в консолидации русской диаспоры, митрополит Кирилл обратил внимание на бурный рост приходов Русской Православной Церкви за рубежом (к 1997 г. в дальнем зарубежье действовало 176 учреждений Русской Православной Церкви, в 2004 г. — 227, в 2006 г. — около 300, в 2008 г. — 316):
«Развитие заграничных приходов является мощным фактором, препятствующим ассимиляции русских людей. Религиозная жизнь, особенно для соотечественников за границей, является точкой сосредоточения русской культуры».
Практически во всех своих многочисленных зарубежных поездках владыка Кирилл встречался с членами русских общин, для многих из которых это была первая встреча с иерархом Русской Церкви (например, в Ираке в марте 2002 г., в ЮАР в 2003 г., в Доминиканской Республике в ноябре 2004 г., в Йемене в декабре 2005 г. и т. д.).
Кроме того, по благословению Святейшего Патриарха Алексия II митрополит Кирилл возглавлял и церковно-общественные торжества, приуроченные к 75-летию кафедрального храма Трех святителей в Париже (Франция, 2006 г.), и празднование 50-летия со дня освящения кафедрального собора Русской Православной Церкви в Лондоне (Великобритания, 2006 г.), и торжества по случаю 70-летия Воскресенской русской общины в Цюрихе (Швейцария, 2006 г.), а также принял участие в праздновании 110-летия Александровского подворья в Иерусалиме (Израиль, 2006 г.), в праздновании 110-летия освящения подворья Русской Православной Церкви в Карловых Варах (Чехия, 2007 г.), освятил больничный корпус Русского Пантелеимонова монастыря на Афоне (Греция, 2007 г.), возглавил празднование 160-летия Русской духовной миссии в Иерусалиме (Израиль, 2007 г.), возглавил торжества по случаю 70-летия Воскресенского кафедрального собора в Берлине (Германия, 2008 г.) и др.
Иногда визиты митрополита Кирилла были связаны с проблемами, возникшими у русских общин вследствие неправомерной позиции властей относительно принадлежности храмов Русской Православной Церкви (в 2004 г. в Венгрии митрополит Кирилл обсуждал эти вопросы с президентом, премьером и председателем Парламента Венгерской Республики), или с защитой прав русского населения (например, в Эстонии).
В 2003 г. для поддержания контактов между Московским Патриархатом и российским внешнеполитическим ведомством была создана рабочая группа по взаимодействию Русской Православной Церкви и Министерства иностранных дел Российской Федерации. На 10-м заседании рабочей группы в ноябре 2007 г. отмечалась важнейшая роль ОВЦС в реализации государственной программы по работе с соотечественниками. «Наше министерство, посольства и консульства всегда сотрудничают с представителями Московского Патриархата, с приходами Русской Православной Церкви в различных странах», — сказал министр иностранных дел С.В. Лавров.
Митрополит Кирилл постоянно посещал приходы Русской Православной Церкви в дальнем зарубежье, укрепляя их связь с родной Церковью и оказывая им необходимую поддержку. Его визиты, неизменно включавшие встречи с руководством стран и городов, в которых жили соотечественники. Так, митрополит Кирилл провел переговоры с Президентом Аргентины С. Менемом во время посещения Аргентинской и Южно-Американской епархии Русской Православной Церкви в декабре 1997 г., с мэром Эдмонтона при посещении приходов Канады в августе 1998 г., с министром иностранных дел Норвегии во время посещения приходов Русской Православной Церкви в Осло и Ставангере в июне 1999 г. и др.), играли определяющую роль в выстраивании взаимоотношений русских приходов с местной властью.
Особой задачей была организация переговоров о возможности открытия приходов в тех странах, где русская православная диаспора находилась без пастырского окормления. В 1997 г. митрополит Кирилл провел переговоры об открытии приходов в Панаме, на встрече с президентом Панамы Э. Перес Бальядаресом была достигнута договоренность о «положительном решении вопросов, связанных с организацией приходской жизни россиян, проживающих в Республике Панама» — приход Покрова Пресвятой Богородицы был открыт уже в следующем году. В июле 1998 г. митрополит Кирилл посетил с этой же целью Кубу, где также достиг взаимопонимания с государственной властью по вопросу открытия русского прихода в Гаване. В том же году был учрежден первый православный приход на Кубе, богослужения проводились в помещении российского торгового представительства, в ноябре 2004 г. митрополит Кирилл встретился в Гаване с главой Кубинского государства Фиделем Кастро и согласовал строительство нового храма, который был заложен незамедлительно самим митрополитом Кириллом. Строительство завершилось в 2008 г., и тогда же владыка Кирилл освятил храм в честь Казанской иконы Божией Матери, на освящении которого присутствовали Глава Кубинского государства Рауль Кастро, делегация Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации во главе с заместителем председателя Думы Л.К. Слиской, Посол России на Кубе М.Л. Камынин, российские дипломаты и их семьи, многочисленные соотечественники.
География открытия новых приходов Русской Православной Церкви на рубеже XX и XXI вв. охватывает все континенты. При этом если в 90-х гг. XX в. новые приходы возникали в основном в странах, где проживала эмиграция «первой» (послереволюционной) и «второй» (послевоенной) волн эмиграции (Германия, Франция, Великобритания и т. д.), то с конца 1990-х гг. география существенно расширилась: уже в 2004 г. приходы Русской Православной Церкви имелись в 44 странах мира, в 2008 г. — в 51 стране, причем самый активный рост приходов наблюдался в странах Южной Америки, Азии и Ближнего Востока, т.е. странах с уже новой русской эмиграцией. Митрополит Кирилл так охарактеризовал этот процесс:
«Люди, живущие за границей, очень нуждаются в храме, потому что чаще всего это не очень устроенная публика. Им нужно место для встречи, им нужна связь с родной землей. И посещая храм, они, конечно, эту связь чувствуют. И кроме того, в тех экстремальных условиях, в которых многие из них живут, им особенно нужна духовная поддержка. Поэтому многие из тех, кто в России не ходил в церковь, оказываясь за границей, становятся верующими христианами».
В связи с этим наряду с церковно-дипломатическим направлением в деятельности зарубежных учреждений ОВЦС (связь с политическими структурами в других странах, с властями, со средствами массовой информации, с деловым миром) «в последние годы сильно расширяется пастырское направление в нашей работе».
Во взаимодействии с Императорским православным палестинским обществом (ИППО), членом которого владыка Кирилл стал в 1982 г., стали последовательно возрождаться традиции паломничества на Святую Землю, начала возвращаться собственность Русской Православной Церкви в Израиле, происходило научное освоение наследия Русской духовной миссии (РДМ), велась работа над новыми исследованиями. При участии митрополита Кирилла стали проходить научные конференции по истории Святой Земли и деятельности РДМ (Антониновские чтения), 15-16 апреля 1997 г. состоялась организованная ОВЦС юбилейная конференция, посвященная 150-летию РДМ в Иерусалиме.
В октябре 2007 г. в Иерусалиме проходили торжества, посвященные 160-летию РДМ, которые возглавил митрополит Кирилл. В ходе визита состоялись его встречи с Патриархом Иерусалимским Феофилом III, Президентом Государства Израиль Ш. Пересом, мэром Иерусалима У. Луполянски, министром туризма Израиля И. Ароновичем, главным раввином Израиля Й. Мецгером, руководством Палестинской автономии. Главным событием торжеств стало малое освящение соборного храма Всех святых, в земле Российской просиявших, в Горненском женском монастыре, совершенное митрополитом Кириллом.
Постоянное внимание владыки Кирилла в эти годы было обращено на проблемы русского присутствия на Афоне, где в начале 80-х гг. XX в. оставалось всего около 20 русских насельников. Постановлением Правительства Москвы от 6 августа 1991 г. в пользование Московскому подворью афонского Пантелеимонова монастыря был передан комплекс храма великомученика Никиты, что за Яузой, там проходили испытательный срок кандидаты на постоянное проживание на Святой Горе. Ко времени визита на Афон Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в июне 1992 г. братия Пантелеимонова монастыря на Афоне насчитывала уже 40 человек. 25 октября 1995 г. в Москву был привезен список Иверской иконы Божией Матери, созданный иконописцем афонского монастыря Ксенофонт иеромонахом Лукой специально для восстановленной Иверской часовни у Воскресенских ворот на Красной площади. В апреле-июне 1996 г. в Москве находилась принесенная из Пантелеимонова монастыря глава великомученика Пантелеимона, в июне-августе 2000 г. святыня побывала в Киеве, Санкт-Петербурге и Москве. 15 сентября 2001 г. по распоряжению митрополита Кирилла в ОВЦС была создана рабочая группа по Афону, которой было поручено рассмотреть все вопросы, связанные с положением в Пантелеимоновом монастыре и паломничеством на Святую Гору. К 2002 г. численность братии Пантелеимонова монастыря составляла около 50 человек. Наметились позитивные изменения в жизни монастыря: восстановлены порядок и строй монашеской жизни, на средства жертвователей отремонтированы несколько корпусов и все храмы.