Спустя два месяца после Поместного Собора 2009 года на заседании Священного Синода 31 марта 2009 года были предприняты первые шаги по реорганизации центрального аппарата Русской Православной Церкви. Были перераспределены полномочия между синодальными учреждениями и учреждены новые синодальные ведомства: Синодальный отдел по взаимоотношениям Церкви и общества, а также Синодальный информационный отдел (объединены в 2015 году в Синодальный отдел по взаимоотношениям Церкви с обществом и СМИ). Был разделен функционал Издательского совета Русской Православной Церкви и Издательства Московской Патриархии. Кроме того были сформированы или восстановлены новые административные структуры — Секретариат Московского Патриархата по зарубежным учреждениям (позднее переименован в Управление Московской Патриархии по зарубежным учреждениям) и Финансово-хозяйственное управление Русской Православной Церкви. Административные функции Управления делами Московской Патриархии были уточнены с приданием этому учреждению более широкого функционала в сфере взаимодействия с епархиями на канонической территории Русской Православной Церкви и выделением не связанных с этими обязанностей в ведение новоучрежденного Административного секретариата Московской Патриархии, а также других учреждений. В марте 2010 года было дополнительно образованы еще несколько синодальных ведомств: Патриарший совет по культуре, Синодальный отдел по тюремному служению, Синодальный комитет по взаимодействию с казачеством. Позднее Синодальная комиссия по монастырям и монашеству была преобразована в полноценное ведомство — Синодальный отдел по монастырям и монашеству. Позднее были образованы Патриарший совет по защите семьи, материнства и детства — в 2011 году; Патриаршая комиссия по вопросам физической культуры и спорта — в 2015 году; Экспертный совет по церковному искусству, архитектуре и реставрации — в 2016 году.
Перечисленные решения были продиктованы постановлениями Поместного Собора, указавшего среди главных задач церковной деятельности: «умножение усилий в области миссионерства и всенародного православного просвещения» и развитие диалога «с окружающим обществом, включая гражданские объединения, мир науки и культуры». Разграничение сфер ответственности синодальных ведомств позволило более активно развивать работу по каждому направлению церковной и общественной жизни. Одновременно была проведена большая работа по реорганизации деятельности всех синодальных структур таким образом, чтобы их сотрудники были активно вовлечены в подведомую область на высоком профессиональном уровне.
Создание новых синодальных учреждений и уточнение их повестки дня повлияло на ряд внутрицерковных процессов. В частности, изменился порядок работы Священного Синода — главного органа церковного управления между Архиерейскими Соборами. Материалы к заседаниям Священного Синода предварительно подробно прорабатываются в синодальных учреждениях. Большинство из этих материалов затем рассылается членам Священного Синода, благодаря чему обсуждение богослужебных текстов, а также сложных юридических или церковноправовых документов на синодальных заседаниях приобрело более насыщенный характер. Если в прошлом значительная часть журналов Священного Синода относилась к отчетности о состоявшихся событиях, то в настоящее время 2/3 синодальных постановлений относятся к богослужебным, правилодательным, структурным и кадровым решениям. За 10 лет принято в общей сложности 1445 журнальных постановлений. Знаковым символическим изменением в синодальной работе стали выездные сессии Священного Синода, который ежегодно заседает не только в Москве, но и в северной синодальной столице — Санкт-Петербурге. Кроме того, выездные сессии также проходили в Киеве, Минске, Екатеринбурге, в Духовно-просветительском и культурном центре Русской Православной Церкви на Юге России.
Развитие деятельности Священного Синода стало возможным, в том числе благодаря тому, что с 2010 года под председательством Святейшего Патриарха Кирилла регулярно созываются совещания руководителей синодальных учреждений. В 2011 году Архиерейский Собор придал этим совещаниям формальный статус «с именованием их Высшим Церковным Советом, по аналогии с органом, учрежденным Всероссийским Церковным Собором в 1917 году и прекратившим работу в годы гонений». Высший Церковный Совет — это исполнительный орган при Патриархе Московском и всея Руси и Священном Синоде. На заседаниях Высшего Церковного Совета проходят первое коллегиальное обсуждение и редакцию многие документы, подлежащие затем рассмотрению Священным Синодом. Кроме того, с 2013 года Высший Церковный Совет на систематической основе контролирует реализацию почти каждого из соборных или синодальных решений, предполагающих конкретную работу того или иного синодального учреждения.
За истекшие десять лет нормотворческая работа Архиерейских Соборов, Священного Синода и Высшего Церковного Совета привела к созданию 163 основополагающих документов, призванных способствовать развитию церковной жизни в самых ее разных аспектах.
Была проведена реформа наградной системы внутри Московского Патриархата. Сначала в 2009 году образована Наградная комиссии при Патриархе Московском и всея Руси. Затем в 2013 году Архиерейский Собор принял Положение о наградах, включающее положение о Наградной комиссии, а также статуты и описания церковных орденов и медалей. Сан игумена перестал быть наградой, оставшись именованием настоятеля монастыря. В 2014 году учрежден геральдический совет при Патриаршей наградной комиссии, отвечающий за экспертизу епархиальных наград. Новая редакция Положения о наградах была принята Архиерейским Собором в 2017 году. В течение десяти лет общецерковные награды получены 14 955 людьми, иерархических наград удостоены 10 916 клириков Русской Православной Церкви.
Поместный Собор 2009 года указал на необходимость создать механизм, способствующий развитию внутрицерковных дискуссий. Во исполнение этого решения летом 2009 года был учрежден уникальный, не имеющий аналогов в других Поместных Православных Церквах совещательный орган — Межсоборное Присутствие Русской Православной Церкви. Его задачу можно иллюстрировать словами Святейшего Патриарха Кирилла на одном из Пленумов этого органа:
«Когда Церковь молчит по тем проблемам и темам, которые реально беспокоят людей, очень многие воспринимают это как некое безразличие к жизни людей, к их проблемам, а иногда даже к их боли. Поэтому наша совместная работа имеет прямую связь с миссией Церкви, с осуществлением Церковью самого важного, к чему Ее призвал Господь — идти учить, крестить, освящать людей Божественной благодатью».
При первом созыве Межсоборное Присутствие объединило 136 наиболее активных архиереев, клириков и мирян. Путем опроса мнений членов Межсоборного Присутствия была сформирована его первая повестка дня, в соответствии с которой было создано 13 комиссий. Был выработан следующий механизм работы Межсоборного Присутствия. На первом этапе профильная комиссия в свободной форме и в течение неограниченного времени обсуждает рассматриваемую ей тему и, если считает это нужным, готовит по ней документ. В последнем случае подготовленный документ вычитывается затем редакционной комиссией Межсоборного Присутствия в первом чтении и рассылается во все епархии для получения отзывов. В некоторых епархиях отзывы составляются епархиальными совета или собраниями, в других — учеными советами семинарий, в-третьих — собираются со всех благочиний или даже приходов. Известны примеры, когда епархии проводили совместные слушания по документам церковно-общественного характера с региональными Общественными палатами. Одновременно с рассылкой в епархии документ публикуется в Интернете для получения предложений и комментариев от всех желающих. После получения церковно-общественной реакции сводка отзывов и комментариев анализируется редакционной комиссией под председательством Святейшего Патриарха с формированием новой редакции документа. На последнем этапе документ рассматривается Пленумом Межсоборного Присутствия с последующей передачей Архиерейскому Собору или Священному Синоду. В отдельных случаях работа Межсоборного Присутствия осуществляется по сокращенной схеме.
На начальном этапе деятельности Межсоборного Присутствия значительная часть подготовленных им документов носила системообразующий характер. Первым видимым результатом стало принятие Архиерейским Собором 2011 года семи документов, созданных в Присутствии (и это более половины документов указанного Собора). Были разработаны рамочные документы по миссии и катехизации, социальному служению, молодежной работе. Также создавались тексты уставного характера. Позднее, когда основные преобразования были реализованы, в центре деятельности Межсоборного Присутствия встали темы, касающиеся богослужебного устава, совершения таинств, а также пастырской практики. Среди наиболее важных документов Межсоборного Присутствия, принятых Архиерейскими Соборами: документ «О подготовке ко Святому Причащению», документ «О церковном браке», Положение о монастырях и монашествующих. Большое значение имел документ под названием «Предложения Церкви, государству и обществу относительно увековечения памяти новомучеников и пострадавших в годы гонений». Хотя сам по себе проект документа вызвал мало публичных реакций, его принятие Архиерейским Собором 2011 года повлекло за собой существенный сдвиг в осознании и осмыслении подвига новомучеников и исповедников Церкви Русской как в среде паствы, так и в обществе. Всего, начиная с 2010 года, высшими органами церковного управления было принято 42 документа, подготовленных Межсоборным Присутствием. В 2017 году Президиум Межсоборного Присутствия объединил некоторые комиссии, в связи с исчерпанием части повестки дня, и поставил им задачу более активно проводить под эгидой Межсоборного Присутствия мероприятия для обсуждения актуальных вопросов, касающихся Церкви и жизни церковного человека, взаимоотношений Церкви и общества.
По состоянию на начало 2019 года в Межсоборное Присутствие входит 195 человек: 70 архиереев, 75 священников, 2 диакона, 13 монашествующих, не имеющих сана, 35 мирян.
Едва ли не самым заметным за последнее десятилетие изменением в сфере церковного управления стало образование новых епархий и создание митрополий. Первый, после Поместного Собора 2009 года, Архиерейский Собор, состоявшийся в начале 2011 года, определил насыщенную повестку дня развития церковной жизни на уровне епархий и приходов по всем направлениям церковной и церковно-общественной жизни: в области миссии, в том числе молодежной, в области катехизации и религиозного просвещения, в сфере социального служения и церковной благотворительности, в информационной деятельности, в вопросах выстраивания взаимоотношений с общественностью, взаимодействия с органами власти. Все это требовало значительных пастырских трудов, непосильных в рамках епархий, охватывающих сотни приходов и растянутых на громадные расстояния. Протяженность епархий также существенно ограничивала возможность для архиереев осуществлять самое главное в своем служении: совершать богослужения и молиться вместе с паствой во всех приходах епархии, встречаться со всем духовенством и возможно большим числом мирянам на регулярной основе. Наставляя в 2012 года недавно рукоположенных архиереев, Святейший Патриарх Кирилл особо подчеркнул:
«Ни с чем не сравнимо евхаристическое общение архипастыря с паствой, таинственно соединяющее молящихся и служащих в совместном совершении Божественной литургии. Но храмы своей епархии епископу желательно посещать и помимо тех случаев, когда он в них совершает богослужения».
Проблема несоразмерности масштабов епархий тем задачам, которые стоят перед Церковью, стала решаться с мая 2011 года, когда Священный Синод впервые за новейшее время создал несколько епархий в рамках одного региона России. Одновременно, учитывая специфику государственного устройства, чтобы сохранять взаимодействие между епархиями, находящимися в одном регионе, было решено объединять таковые епархии в митрополии. С учетом исторического опыта, предложений Всероссийского Церковного Собора 1917-1918 гг., принявшего определение «О церковных округах», и реалий современной церковной жизни в Межсоборном Присутствии было разработано «Положение о митрополиях», утвержденное Священным Синодом в октябре 2011 года. В своем сообщении на данном синодальном заседании Святейший Патриарх Кирилл подчеркнул: «Цель данных преобразований — развитие и укрепление пастырской работы, чтобы проповедь Евангелия Христова достигала все большего числа людей». С тех пор было образовано 60 митрополий: 59 в России и одна в Белоруссии.
Создание новых епархий предполагает более активную просветительскую и миссионерскую работу каждой из них. Епископы, в связи с уменьшением протяженности епархий, призваны более активно и непосредственно бывать на приходах, содействовать их развитию, общаться с духовенством и мирянами, вникая в их духовные и материальные нужды.
Создание новых епархий с кафедральными центрами в подчас отдаленных районных населенных пунктах осуществлялось вопреки одной из социальных проблем современности — урбанизации населения и депопуляции сельской местности. Епархии с кафедрами в районных населенных пунктах порой становятся одними из центров культурной, образовательной, социальной жизни в районах. Среди задач архиереев — строительство храмов или оборудование помещений для периодического совершения Божественной литургии, а также регулярное, хотя бы раз в два месяца, обеспечение богослужений даже в самых отдаленных населенных пунктах («а если в населенном пункте более 100 жителей, то и раз в месяц», — отмечал Святейший Патриарх).
В крупнейшей по количеству приходов Московской епархии — в части, относящейся к городу Москве, правящим архиереем которого является Патриарх Московский и всея Руси, было проведено преобразование, частично схожее с созданием нескольких епархий в рамках одного региона. В границах административных округов российской столицы были образованы территориальные викариатства, управляемые викариями, которым Святейший Патриарх Кирилл делегировал значительные полномочия, ранее осуществлявшиеся лично Патриархом. Это, в частности, способствовало активной реализации уникальной программы по строительству новых храмов в городе Москве, получившей поддержку мэра. Запуск этого проекта был продиктован насущной необходимостью, поскольку Москва занимала последнее место среди субъектов Российской Федерации по численности населения на один приход (в 2010 году это соотношение составляло почти 40 тысяч человек). За восемь лет возведены и уже действуют 47 храмов. Монтажно-строительные работы завершены в 16 храмах, строятся 28 храмов. Десятки других храмов находятся на стадии разработки проектной документации.
По московскому образцу в некоторых других регионах стали разрабатываться аналогичные программы строительства храмов.
Завершая обзор управленческих преобразований истекшего десятилетия, следует упомянуть об активном привлечении мирян к работе синодальных и епархиальных учреждений, а также к формированию общецерковных решений через участие в дискуссиях Межсоборного Присутствия. В 2009 году Святейший Патриарх Кирилл инициировал привлечение на постоянной, преимущественно платной, основе в приходы Москвы помощников настоятелей и благочинных по социальному служению, религиозному образованию, работе с молодежью, катехизаторов-консультантов. Этот опыт был подхвачен некоторыми епархиями, что нашло свое отражение в решениях Архиерейского Собора 2011 года. Конечно, речь не могла идти о назначении таких сотрудников на все приходы. Члены Собора отметили: «Учитывая неизбежные трудности в осуществлении этого решения, на первом этапе эти должности следует вводить в крупных городских приходах. Кроме того, штатные оплачиваемые сотрудники должны быть в каждом благочинии с тем, чтобы они помогали всем настоятелям в рамках благочиния развивать соответствующую работу».
Кроме того, допускается назначение не только мирян, но и клириков на упомянутые должности. На начало 2019 года должности профильных помощников благочинных были замещены на 93%, что составляет 5 596 человек, половина из которых — миряне. Признавая, что относительно новая институция профильных помощников благочинных еще находится в становлении, можно с уверенностью сказать, что ее введение уже сейчас повлекло за собой серьезную активизацию всех затронутых сфер церковной жизни при деятельном участии мирян.