Церковный кризис в Эстонии начался в 1992 г. как внутренний конфликт, инспирированный националистическими кругами во власти и отчасти небольшой группой эстонского духовенства. Казалось, что предоставление Православной Церкви в Эстонии автономии в составе Русской Православной Церкви сможет разрешить конфликтную ситуацию. Эстонские раскольники, использовавшие тот же политический тезис, что и на Украине: «Суверенному государству — независимую Церковь», — ни по своему числу (в учредительном собрании раскольнической группы в апреле 1993 г. участвовали пять клириков Эстонской Православной Церкви), ни по своему минимальному влиянию на паству, казалось, не представляли реальной угрозы единству Православия в Эстонии. Полномасштабный эстонский церковный кризис, затронувший все Православные Поместные Церкви, разразился тогда, когда раскольники приобрели себе сильных покровителей в лице государственной власти и Константинопольского Патриарха.
Православная Церковь в Эстонии прошла сложный исторический путь в XX в. В 1920 г. Патриарх Тихон даровал ей автономию в составе Русской Православной Церкви. В 1923 г., ссылаясь на тяжелое положение Православия в России, без ведома и согласия Русской Православной Церкви Константинопольский Патриарх Мелетий IV издал томос о включении Православной Церкви в Эстонии в состав Константинопольского Патриархата в качестве «отдельного церковного округа». В 1978 г. Патриарх Константинопольский Димитрий I, исходя из исторической и канонической справедливости, отменил томос Патриарха Мелетия, подтвердив реальное положение вещей: Православная Церковь в Эстонии является неотъемлемой частью Русской Православной Церкви. В начале 90-х гг. XX в. раскольники, возглавляемые клириком Константинопольского Патриархата протоиереем Николаем Суурсеетом, действуя в согласии с правительством Эстонии, объявили томос 1978 г. недействительным. Обращения законного епископа Таллинского и всея Эстонии Корнилия (Якобса) к Константинопольскому Патриарху Варфоломею, к президенту и министрам Эстонии оставались без ответа.
Власти Эстонии признали наследниками церковного имущества и всех прав исторической Церкви группу раскольников, каноническая Церковь оказалась лишенной своих законных прав и имущества. Осенью 1994 г. власти Эстонии начали серию обращений к Константинопольскому Патриарху Варфоломею с просьбой поддержать их курс на силовой отрыв эстонского Православия от Московского Патриархата.
В этих условиях 5 октября 1994 г. Священный Синод Русской Православной Церкви поручил митрополиту Кириллу вступить в переговоры с Константинопольским Патриархатом. В ноябре митрополит Кирилл во главе делегации Русской Православной Церкви встретился с Патриархом Варфоломеем, но удалось добиться лишь решения о более внимательном изучении положения дел в Эстонии специальной делегацией Константинопольского Патриархата. Митрополит Кирилл срочно приехал в Эстонию, где провел ряд встреч со всеми участниками конфликта, в том числе с министром внутренних дел Эстонии Х. Арике, однако столкнулся с полным отсутствием воли властей к поиску мирного решения конфликта.
После визита Константинопольской делегации в феврале 1995 г. в Эстонию (осуществленного без согласования с Русской Православной Церковью) начались сложные переговоры в Москве. И Патриарх Алексий, уроженец Эстонии, прослуживший в ней в общей сложности почти 50 лет, и митрополит Кирилл, ясно представлявший себе религиозную и политическую обстановку в Эстонии, попытались донести до представителей Константинопольского Патриархата очевидное: поддержка Константинополем неправомерных устремлений эстонских властей лишь ухудшит ситуацию, нарушит принципы братского мира среди Православных Поместных Церквей, создаст крайне опасный прецедент межцерковного «рейдерства». Достичь взаимопонимания на переговорах не удалось. 29 мая 1995 г., во время визита в Финляндию, Патриарх Варфоломей обратился к православным Эстонии как к «своей пастве» и заявил о скором восстановлении действия томоса Патриарха Мелетия 1923 г. 12 июля о своем намерении захватить эстонскую паству под видом «восстановления исторического церковного порядка» он уведомил и Патриарха Алексия.
К концу 1995 г. напряжение в «эстонском конфликте» достигло предела, в связи с чем 3 января 1996 г. митрополит Кирилл вновь посетил Стамбул, желая предотвратить худший сценарий развития событий — разрыв отношений между Русской и Константинопольской Церквами. Основываясь на решениях Поместного Собора Эстонской Апостольской Православной Церкви (ЭАПЦ) от 17 ноября 1993 г., митрополит Кирилл внес ряд компромиссных предложений, предусматривавших определенные шаги навстречу тем, кто желали бы перейти в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Предложенный план подразумевал, что ЭАПЦ, возглавляемая архиепископом Корнилием, регистрируется в полном составе как правопреемница исторической Эстонской Церкви; после регистрации все приходы получают возможность самоопределения в выборе юрисдикции; процесс перехода общин, изъявивших желание войти в Константинопольский Патриархат, должен осуществляться, согласно каноническим нормам, после двухстороннего соглашения Московского и Константинопольского Патриархатов.
Удалось достичь согласия лишь в том, что все православные приходы в Эстонии независимо от их канонического самоопределения должны быть зарегистрированы как правопреемники соответствующих довоенных приходов со всеми вытекающими имущественными последствиями. Предполагалось продолжить переговоры в феврале. Однако уже на следующий день вопреки достигнутым соглашениям Константинопольский Патриархат объявил о своих намерениях «возобновить деятельность автономной Эстонской Апостольской Православной Церкви на основе томоса Патриарха Мелетия IV от 1923 г. Такая автономная Церковь может включать в себя все православные общины на территории Эстонии с отдельной епархией для русскоязычных приходов».
Митрополит Кирилл отозвался заявлением от 17 января 1996 г., в котором выразил энергичный протест Русской Церкви: «Сам факт направления такого послания православным общинам Эстонии является грубейшим нарушением православных канонов, запрещающих епископу одной Поместной Церкви обращаться к пастве другой Поместной Церкви». В заявлении была изложена позиция делегации Русской Православной Церкви на встрече в Стамбуле 3 января 1996 г. и выражена озабоченность выходящими за рамки двухсторонних обсуждений акциями Константинопольского Патриархата, которые несут серьезную угрозу межправославному миру и каноническому единству. Русская Православная Церковь предлагала продолжить поиски мирного разрешения конфликта, Константинопольский Патриархат уклонялся от переговоров. Известив глав всех Православных Церквей о сложившейся ситуации, Русская Православная Церковь в лице своего Предстоятеля дважды обращалась к Патриарху Варфоломею, взывая к его архипастырской ответственности.
Все оказалось напрасно. 20 февраля 1996 г. Патриарх Варфоломей подписал «Патриарший и синодальный акт о возобновлении действия Патриаршего и синодального томоса от 1923 г. об Эстонской православной митрополии». В этом документе законными преемниками Эстонской Апостольской Православной Церкви названы «принимающие данный томос и сохранившие непрерывное каноническое преемство данной Церкви». Важной частью своей архипастырской деятельности в Эстонии Константинопольский Патриарх посчитал разделение православной паствы на основе дискриминационного по отношению к русским эстонского гражданского законодательства. Русской Церкви о своем деянии Константинопольский Патриархат не сообщил.
23 февраля 1996 г. Священный Синод Русской Православной Церкви постановил:
«Ввиду того что неоднократные братские увещевания Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и его обращение от имени Священного Синода и епископата Русской Православной Церкви к Патриарху Константинопольскому Варфоломею были им проигнорированы, с глубокой скорбью и сожалением должны признать данную акцию раскольнической, вынуждающей нашу Церковь приостановить каноническое и евхаристическое общение с Константинопольским Патриархатом и Финляндской автономной архиепископией, а также прекратить поминовение Константинопольского Патриарха по диптиху Предстоятелей Поместных Православных Церквей».
Перед митрополитом Кириллом и ОВЦС встала задача незамедлительно разъяснить главам других Поместных Православных Церквей истинные причины межправославного кризиса. 8-9 марта 1996 г. митрополит Кирилл находился в Сирии для переговоров с Антиохийским Патриархом Игнатием IV. 9-10 марта — в Израиле, где он встретился с Иерусалимским Патриархом Диодором.
Заместитель митрополита Кирилла архиепископ Калужский и Боровский Климент (Капалин) 11-12 марта провел встречи в Болгарии, 12-13 марта — в Польше. Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий 8-10 марта посетил Сербскую Православную Церковь. Митрополит Кирилл продолжил консультации и с Константинопольской стороной: 10-13 марта в Швейцарии он провел переговоры с представителями Константинопольской Патриархии.
Необходимо было искать путь к компромиссу ради сохранения единства мирового Православия, которому односторонними действиями Константинопольского Патриархата был нанесен тяжелый урон. 3 и 22 апреля 1996 г. в Цюрихе состоялись переговоры по эстонскому вопросу, на которых были выработаны предложения, одобренные Синодами Русской и Константинопольской Церквей 16 мая 1996 г. В соответствии с этими предложениями православным клирикам и мирянам ЭАПЦ предоставлялась свобода выбора юрисдикционной принадлежности.
Запрещенные клирики и отлученный от церковного общения мирянин были признаны Священным Синодом Русской Православной Церкви освобожденными от прещений. Не определившимся в своем выборе приходам предоставлялся четырехмесячный срок для принятия решения. Константинопольский Патриархат приостановил на это время исполнение своего постановления от 20 февраля 1996 г. о возобновлении действия томоса 1923 г. На этих условиях восстанавливалось прерванное ранее общение между двумя Патриархатами.
Сохранялась надежда, что это с трудом достигнутое решение, на которое Русская Православная Церковь пошла по крайнему снисхождению и лишь ради предотвращения раскола всемирной православной семьи, будет реализовано и положит конец противостоянию в Эстонии. Однако в течение двух последующих лет, несмотря на постоянные напоминания, письменные и на переговорах, Константинопольский Патриархат всячески затягивал окончательное выполнение своей части обязательств.
Вслед за проблемами определения юрисдикционной принадлежности приходов стал актуальным вопрос о порядке регистрации учреждений Московского и Константинопольского Патриархатов в Эстонии. В 1997 г. состоялись встречи митрополита Кирилла и секретаря ОВЦС по межправославным отношениям игумена Елисея (Ганабы) с министром внутренних дел Эстонии Р. Лепиксоном, в ходе которых министр высказался в пользу скорейшей регистрации церковной структуры Московского Патриархата в Эстонии. Необходимость этого была обусловлена подготовкой к принятию нового закона, согласно которому все религиозные организации Эстонии должны были пройти перерегистрацию в МВД. Однако представители эстонского правительства предлагали самоуправляемой Эстонской Православной Церкви в составе Московского Патриархата регистрироваться в качестве епархии, представляющей подразделение иностранной религиозной организации и не могущей претендовать на правопреемство по отношению к довоенной ЭАПЦ, что фактически означало отказ от прав на историческое церковное имущество. Главным препятствием для справедливого разрешения этого вопроса власти Эстонии называли позицию Константинопольского Патриархата.
28 марта 2000 г. в Женеве вновь состоялись переговоры между делегациями Московского и Константинопольского Патриархатов. Делегация Русской Церкви, которую возглавлял митрополит Кирилл, выдвинула предложение решить проблему, заключив юридическое соглашение между двумя параллельными церковными структурами в Эстонии, предусматривающее право собственности на de facto используемое историческое имущество. Однако митрополит Стефан, глава Константинопольской юрисдикции в Эстонии, участвовавший во встрече, выставил категорическое условие: не заключать никаких юридических соглашений, пока Московский Патриархат не признает возглавляемую им структуру единственной в Эстонии автономной православной Церковью. Делегация Русской Православной Церкви отвергла это условие, справедливо считая, что так и не реализованные в полной мере цюрихские договоренности 1996 г. на данном этапе представляют собой предельный возможный церковный компромисс. При этом Константинопольский Патриархат, заявляя, что осложнение в решении имущественного вопроса «происходит от эстонского законодательства», отказался от дальнейших прямых переговоров между руководством двух Церквей, сославшись на достаточные для решения этих вопросов полномочия архиепископа Стефана.
Юбилейный Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 2000 г. констатировал, что эстонский кризис остается неурегулированным в связи с неисполнением Константинопольской стороной соглашений двух Церквей, достигнутых в мае 1996 г. в Цюрихе, о предоставлении одинаковых прав, включая права на историческое церковное имущество, для всех православных в Эстонии.
Конец 2000 г. ознаменовался новым витком эстонского кризиса, вызванным визитом Патриарха Варфоломея в Эстонию 26 октября — 1 ноября 2000 г. Русская Церковь не была уведомлена об этом посещении. И все же ОВЦС Московского Патриархата предпринял все усилия, для того чтобы использовать и этот случай для уврачевания четырехлетнего конфликта. Представителям двух православных юрисдикций в Эстонии было предложено издать в соответствии с достигнутыми в Цюрихе договоренностями совместную декларацию о восстановлении одинаковых прав для всех православных приходов, в том числе на историческое церковное имущество. Эти предложения были представлены на переговорах митрополита Кирилла с Константинопольской делегацией во главе с митрополитом Мелитоном в Москве 20 октября 2000 г. Однако константинопольская сторона отказалась от предложенных инициатив. Более того, в ходе визита в Эстонию Патриарх Варфоломей и члены Константинопольской делегации неоднократно заявляли, что договоренности между двумя Церквами относительно церковного положения в Эстонии, заключенные в Цюрихе в 1996 г., нельзя толковать как «соглашение, допускающее существование в Эстонии двух параллельных православных юрисдикций», что в стране может быть только один митрополит или архиепископ с титулом «всея Эстонии» «и в дополнение к нему — экзарх приходов, подчиненных другой, например Русской, Церкви». Выдвигалось даже требование, чтобы Московский Патриархат сместил архиепископа Корнилия.
К концу 2000 г. стало очевидно, что Константинопольский Патриархат, пренебрегая договоренностями, достигнутыми в Цюрихе в 1996 г., осуществляет наступление на права Московского Патриархата и стремится вытеснить его из Эстонии. В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви от 8 ноября 2000 г. в связи с положением в Эстонии было отмечено, что «в сложившихся условиях было бы лицемерием демонстрировать миру наше единство, когда разрушено доверие и попраны основы братского соработничества на пути к подлинному уврачеванию тягостного разделения Православия в Эстонии». А потому «до времени восстановления согласия в вопросах канонического бытия православной Церкви в Эстонии и достижения мира и справедливости по отношению ко всем православным в этой стране Московский Патриархат решительно отстраняется от любых собраний с участием Патриарха Константинопольского Варфоломея, Преосвященного Иоанна, главы Финляндской архиепископии Константинопольского Патриархата, и Преосвященного Стефана, главы юрисдикции Константинопольского Патриархата в Эстонии».
Русская Церковь отказалась от участия в проходившей в Стамбуле 25-26 декабря 2000 г. встрече Предстоятелей и представителей Поместных Православных Церквей, в которой наряду с Патриархом Варфоломеем принял участие и митрополит Стефан, а затем обратилась к главам Поместных Православных Церквей с просьбой дать оценку действиям Константинополя в Эстонии. Ответные послания Предстоятелей Александрийской, Антиохийской, Грузинской, Сербской, Румынской, Болгарской и Польской Православных Церквей не содержали поддержки позиции Константинопольского Патриархата. В них была выражена надежда, что эстонский церковный вопрос получит свое разрешение в ходе двухсторонних переговоров Константинопольского и Московского Патриархатов.
Позиция братских православных Церквей помогла в продолжении переговорного процесса. Очередным его этапом стали встречи делегаций Московского и Константинопольского Патриархатов в 2001 г.: в Вене 16 января и в Берлине 19 февраля. По инициативе митрополита Кирилла участники переговоров обратились к Священным Синодам обоих Патриархатов с предложением призвать иерархов двух православных юрисдикций в Эстонии заключить соглашение о прекращении имущественных споров, в соответствии с которым каждая из церковных структур получит права собственности на фактически используемое ею церковное имущество. Проект этого соглашения был одобрен на встрече в Берлине. Соглашение, текст которого был подготовлен для подписания митрополитами Корнилием и Стефаном, предусматривало, что структура, состоящая в юрисдикции Константинопольского Патриархата, «в течение 60 дней со дня регистрации устава структуры, находящейся в юрисдикции Московского Патриархата, либо передает в собственность последней вышеупомянутое церковное имущество на основании договоров дарения или купли-продажи по символической цене, либо передает его Эстонскому государству для последующей передачи этого имущества в собственность церковной структуры в юрисдикции Московского Патриархата»). Подписание этого документа и воплощение в жизнь провозглашенных в нем намерений могло поставить точку в затянувшемся межцерковном конфликте.
Московский Патриархат незамедлительно одобрил берлинский проект на ближайшем заседании Синода 22 февраля 2001 г. Содержательного ответа из Константинополя пришлось ждать более двух месяцев. 19-20 апреля 2001 г. в Цюрихе главы делегаций двух Церквей митрополит Кирилл и митрополит Филадельфийский Мелитон подписали коммюнике, подтверждавшее желание сторон «содействовать нормализации отношений между двумя православными юрисдикциями в Эстонии». Константинопольский Патриархат не мог более уклоняться от поиска совместных решений по преодолению кризиса в Эстонии.
Тем временем в январе 2001 г. эстонское министерство внутренних дел в очередной раз отказало в регистрации Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата, потребовав, чтобы Эстонская Церковь признала себя новообразованной структурой. В связи с этим Русская Церковь заявила:
«Московский Патриархат не оставит без внимания систематическое нарушение прав своих верующих и, взаимодействуя со всеми здоровыми общественными и политическими силами как Эстонии, так и России, употребит все возможности для скорейшего и справедливого решения вопроса... Положение, при котором значительная часть жителей европейской страны в течение длительного времени не может добиться легального статуса своей религиозной общины, является вызовом цивилизованному сообществу и не может не вызвать озабоченности международных организаций».Митрополит Кирилл предпринял энергичные шаги для обеспечения международной поддержки Эстонской Православной Церкви, а ОВЦС не упускал возможности свидетельствовать о продолжающемся нарушении прав православных верующих в Эстонии с трибун авторитетных международных организаций, включая Организацию по безопасности и сотрудничеству в Европе, в контактах с Комиссаром Совета Европы по правам человека А. Хиль-Роблесом и другими правозащитными органами. Инициативу митрополита Кирилла поддержали многие государственные и общественные организации России. Резонанс, который эстонская церковная проблема вызвала в 2001 г., наносил все больший ущерб авторитету Эстонии и приводил к снижению внимания российских предпринимателей к сотрудничеству с эстонским бизнесом.
Итогом совместных усилий Эстонской Православной Церкви, ОВЦС и широкой общественной поддержки стала регистрация 17 апреля 2002 г. МВД Эстонии Эстонской Православной Церкви. Впрочем, положение ЭПЦ Московского Патриархата не было уравнено с положением ЭАПЦ Константинопольского Патриархата. В частности, ЭПЦ МП является лишь арендатором церковной недвижимости, в то время как ЭАПЦ обладает правами собственности на здания, занимаемые ее приходами.
Относительная нормализация положения ЭПЦ сделала возможным визит в Эстонию 25-30 сентября 2003 г. Патриарха Алексия II, который до своего избрания на Московский Патриарший престол был в течение четверти века митрополитом Таллинским и Эстонским. В поездке Патриарха сопровождал митрополит Кирилл. Во время переговоров с премьер-министром Эстонии Ю. Партсом, Президентом Эстонии А. Рюйтелем, представителями Совета Церквей Эстонии Патриарх твердо свидетельствовал, что принципиальной позицией Русской Православной Церкви остается необходимость обеспечения равенства условий, на которых обе православные структуры использовали бы церковное имущество, о чем была достигнута договоренность в Цюрихе в 1996 г. Ту же позицию Патриарх изложил и митрополиту Стефану, которого принял по его просьбе.
Константинопольский Патриархат неоднократно предпринимал попытки явочным порядком добиться межправославного признания своей структуры в Эстонии и одновременно жестко блокировал участие ЭПЦ МП в международных организациях. На ежегодной сессии центрального комитета Конференции европейских Церквей (КЕЦ) в мае 2006 г. представитель Константинопольского Патриархата митрополит Сасимский Геннадий неожиданно для всех зачитал заявку ЭАПЦ Константинопольской юрисдикции о соискании членства в КЕЦ. Встречное предложение принять в КЕЦ также ЭПЦ МП вызвало негодование со стороны представителей Константинопольского Патриархата. Инспекционные группы, направленные в Таллин для изучения соответствия ЭАПЦ и ЭПЦ МП критериям членства в КЕЦ, вынесли положительные решения в отношении обеих структур. 30 сентября 2008 г. в ходе встречи с Патриархом Алексием II и митрополитом Кириллом в Москве генеральный секретарь КЕЦ обещал сделать все возможное для того, чтобы ЭПЦ МП была принята в члены КЕЦ. Однако на сессии центрального комитета КЕЦ 6-11 октября 2008 г. в Паралимни перед началом голосования по вопросу о принятии ЭПЦ МП греческие участники демонстративно покинули зал заседания. ЭПЦ МП не была принята в КЕЦ. Результатом стала приостановка членства Русской Церкви в этой межхристианской организации.
8 октября 2007 г. в Равенне началась 10-я встреча Смешанной международной комиссии по диалогу между Православной и Римско-Католической Церквами. После прибытия в Равенну делегации Русской Православной Церкви обнаружилось, что сопредседатель комиссии митрополит Иоанн (Зизиулас) в одностороннем порядке привлек к работе в комиссии представителей ЭАПЦ. Делегация Московского Патриархата опротестовала данное решение и покинула заседание.
В октябре 2008 г. делегация Московского Патриархата во главе с Патриархом Алексием приняла участие в межправославной встрече, организованной Патриархом Варфоломеем в Стамбуле. 1 октября 2008 г. в Стамбуле митрополит Кирилл получил заверения от Патриарха Варфоломея в том, что ЭАПЦ не будет представлена на предстоящей встрече. Однако митрополит Стефан прибыл на встречу, и председателю ОВЦС пришлось выступить с особым заявлением о том, что присутствие делегации Московского Патриархата на встрече Предстоятелей и представителей Православных Поместных Церквей не означает признания ЭАПЦ:
«Наше участие в этой встрече не следует рассматривать как фактическое признание автономного статуса юрисдикции Константинопольского Патриархата в Эстонии. Подчеркиваем, что на данную встречу не следует ссылаться в будущем как на прецедент... Наше присутствие здесь является также ясным свидетельством готовности Московского Патриархата пройти свою часть пути, ведущего к преодолению существующих проблем во взаимоотношениях между Церквами».В определении «О вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Русской Православной Церкви» Архиерейский Собор 2008 г. заявил, что нынешнее особое «видение Константинопольским Патриархатом собственных прав и полномочий вступает в непреодолимое противоречие с многовековой канонической традицией, на которой зиждется бытие Русской Православной Церкви и других Поместных Церквей, а также с их реальными пастырскими задачами по духовному окормлению диаспоры». Собор призвал Константинопольскую Церковь до общеправославного рассмотрения данного вопроса «проявлять осмотрительность и воздерживаться от шагов, могущих взорвать православное единство».
В определении Собор призвал «к полной реализации ранее достигнутых соглашений по эстонскому церковному вопросу» и решительно отверг попытки Константинопольского Патриархата «создать видимость всеправославного признания своей церковной структуры в Эстонии в качестве автономной поместной Церкви без учета мнения и интересов подавляющего большинства православных верующих в Эстонии».