Особое внимание митрополит Кирилл уделял состоянию церковной и светской науки, образования, сохранению культурного наследия и художественному творчеству. Продолжая библейские исследования, начатые в ЛДА, он совместно с РАН и шведским Институтом перевода Библии организовал ряд научных конференций.
Например, в ноябре 1994 г. Международную конференцию «Перевод Библии: лингвистические, историко-культурные и богословские аспекты». Темой конференции, прошедшей в следующем году в ОВЦС, была христианская миссия в XVIII-XX вв.
Научные форумы, проведенные по инициативе митрополита Кирилла в 1998 и 2000 гг., были посвящены соотношению веры и научного знания и путям развития православного богословия на рубеже тысячелетий.
Митрополит Кирилл участвовал в работе Синодальных библейской (с 1990 г.) и богословской (с 1994 г.) комиссий, Комиссии при Президенте России по государственным премиям в области литературы и искусства (с 1995 г.), Президиума Межрелигиозного совета России (с 1998 г.), Церковно-научного совета по изданию «Православной энциклопедии» (с 1999 г.). В 1997 г. митрополит Кирилл стал действительным членом профессионального литературного союза — Академии российской словесности (с 2007 г. — президент Академии).