Новая историческая реальность, в которой оказалась Церковь в постсоветские годы, с одной стороны, подарила небывалую свободу действий и долгожданную возможность открыто и невозбранно свидетельствовать о Христе. С другой же стороны, Священноначалие прекрасно осознавало, что новое положение Церкви и ее возросшее влияние на общественную жизнь таят в себе опасность нежелательного вовлечения в политические процессы, поскольку некоторые политические силы попытаются опереться на нравственный авторитет Церкви для решения своих прагматических задач и реализации политических амбиций. В связи с этим необходимо было дать ясные определения и сформулировать четкую позицию по церковно-государственным и церковно-политическим вопросам.
Еще в 1990 г. церковное руководство приняло решение ограничить выдвижение священнослужителей кандидатами в депутаты на выборах в республиканские, областные и местные советы. Тогда это вызвало многочисленные недоумения, и митрополит Кирилл взял на себя ответственность за разъяснение непопулярного решения:
«Нас критиковали, утверждая, что церковное руководство лишает священнослужителей прав, которые они имеют как советские граждане. Однако решение Синода было продиктовано совсем иными соображениями. Что представляла бы собой большая группа депутатов, одетых в рясы и заседающих в советах? Волей-неволей она воспринималась бы как некий блок, а порой, весьма возможно, и действовала бы как блок, создавая в обществе опасную иллюзию неформального существования церковно-политической партии. Церковь не только не желает быть политической силой, но и не желает отождествлять себя ни с одной политической партией».
8 октября 1993 г. Священный Синод принял постановление, предписывающее священнослужителям воздержаться от участия в выборах в Федеральное Собрание Российской Федерации в качестве кандидатов в депутаты. Вопрос о возможности участия священнослужителей в работе любых органов власти был рассмотрен на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 1994 г. Запрет на выдвижение священнослужителей кандидатами на выборах в органы представительной власти как на государственном, так и на местном уровне был распространен на страны СНГ и Балтии; было признано крайне нежелательным членство священнослужителей в политических партиях, движениях, союзах, блоках и иных подобных организациях, в первую очередь ведущих предвыборную борьбу. При этом Собор подтвердил позицию руководства Церкви о «невозможности для церковной Полноты поддержки каких-либо из действующих в странах СНГ и Балтии политических партий, движений, союзов, блоков и тому подобных организаций, а также отдельных их деятелей, в первую очередь в ходе предвыборных кампаний» и о «непредпочтительности для Церкви какого-либо государственного строя, какой-либо из существующих политических доктрин, каких-либо конкретных общественных сил и их деятелей, в том числе находящихся у власти».