Митрополит Кирилл отдавал много сил развитию двусторонних контактов Русской Церкви с каждой из Поместных Православных Церквей. Так, еще до начала работы в ОВЦС в должности его председателя владыка Кирилл в составе официальных делегаций посетил все Поместные Православные Церкви, а также и другие страны, сопровождая сначала Святейшего Патриарха Пимена, а затем, уже будучи председателем, и Святейшего Патриарха Алексия II в их поездках в Турцию (1977, 1991, 2008 гг.), Египет (1972, 1991 гг.), Сирию и Ливан (1972, 1991 гг.), Израиль (1978, 1991, 1992, 1997, 2000 гг.), Грузию (1977, 1996 гг.), Югославию (1972, 1994, 1999 гг.), Румынию (1972 г.), Болгарию (1972, 1994, 1998 гг.), Кипр (1992 г.), Грецию (1978, 1992 гг.), Финляндию (1981, 1994 гг.), Австрию (1997 г.), Азербайджан (2001 г.), Армению (1996, 2001 гг.), Великобританию (1991 г.), США (1991, 1993 гг.), Венгрию (1993 г.), Германию (1995 г.), Иорданию (1992 г.), Литву (1997 г.), Молдову (2005 г.), Францию (2007 г.), Украину (2008 г.), Швейцарию (1995 г.), Эстонию (2003 г.), Японию (2000 г.). Он также участвовал во встречах Предстоятелей Поместных Православных Церквей (Стамбул, 1992 г.; 2008 г.) и встречах Святейших Патриархов Константинопольского Варфоломея и Московского и всея Руси Алексия II (Одесса, 1997 г.; Киев, 2008 г.).
Кроме того, митрополит Кирилл был участником переговоров между Русской Церковью и Константинопольским Патриархатом (Стамбул, 1977 г.; Женева, 1978 г.; Стамбул, 1990 г.; Москва, 1991 г., 2003 г.; Стамбул, 1993, 1996, 2003 гг.; Цюрих, дважды в 1996 г., 2001 г., 2008 г.; Таллин, 1996 г.; Афины, 1996 г.; Женева, дважды в 1997 г., 1998 г., дважды в 2000 г., 2007 г.; Вена, 2001 г.; Берлин, 2001 г.). В 1991 году Патриарх Алексий II в сопровождении митрополита Кирилла посетил Стамбул, где отслужил панихиду у гроба недавно скончавшегося Константинопольского Патриарха Димитрия I и провел переговоры с исполняющим обязанности председателя Священного Синода Константинопольского Патриархата Халкидонским митрополитом Варфоломеем (впоследствии — Патриарх Константинопольский).
Осенью 1991 г. состоялся визит Патриарха Алексия II в Александрийскую и Антиохийскую Православные Церкви. На встречах с Александрийским Патриархом Парфением и Антиохийским Патриархом Игнатием IV Патриарх Алексий и митрополит Кирилл выработали совместную позицию по противодействию прозелитизму как форме взаимоотношений православных Церквей (что было важно для Русской Православной Церкви после демонстративного выхода греко-католиков из четырехсторонней комиссии по ситуации на Западной Украине), по поддержанию религиозного мира на Ближнем Востоке. Делегация Русской Православной Церкви также провела переговоры с главами крупнейших религиозных общин и с президентами Египта, Сирии и Ливана. Диалог с Александрийским и Антиохийским Патриархатами в эти годы развивался плодотворно как в выработке единой позиции в общеправославных вопросах, так и в сотрудничестве по окормлению русскоязычной паствы, проживающей на канонической территории этих Церквей (в 1990-2008 гг. было открыто несколько приходов Русской Православной Церкви в Африке и на Ближнем Востоке).
В том же 1991 г. митрополит Кирилл сопровождал Патриарха Алексия II в паломничестве по Святой Земле, присутствовал на встречах с Иерусалимским Патриархом Диодором I, главами других религиозных общин Иерусалима и Палестины. Во время этой поездки были достигнуты соглашения, позволившие значительно укрепить присутствие Русской Православной Церкви на Святой Земле.
Противодействие прозелитизму было в центре внимания на переговорах делегации Русской Православной Церкви с Иерусалимским Патриархом в 1992 г., твердая позиция Русской Православной Церкви вновь получила одобрение.
7 января 2000 г. митрополит Кирилл участвовал во Всеправославном праздновании 2000-летия христианства в Вифлееме.
В октябре 2000 г. при поддержке ОВЦС, РАН и Посольства Государства Палестины в Российской Федерации состоялась Международная конференция «Святая Земля и российско-палестинские отношения: Вчера, сегодня, завтра», на которой и в выступлении Патриарха Алексия, и в основном докладе митрополита Кирилла была четко сформулирована позиция Русской Православной Церкви по вопросам российско-палестинских связей и ближневосточного урегулирования. Весной 2002 г. в связи с эскалацией напряженности на Святой Земле эта позиция прозвучала в заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви: «Христианские, мусульманские и иудейские святыни должны сохраняться здесь при уважении законных прав каждого жителя этой земли и каждого паломника, желающего посетить места богопочитания… Мы возмущены оскорбительными действиями по отношению к святыням, использованием для силовой борьбы зданий и территорий, принадлежащих религиозным организациям. Сегодня создалось крайне острое противостояние вокруг великой святыни — храма Рождества Христова в Вифлееме. Наша Церковь призывает отказаться от любых силовых действий на месте Рождества Христова и вывести оттуда вооруженных людей… Палестинская сторона должна безоговорочно прекратить террористические акты против мирных людей, а Израиль — вывести войска из арабских городов, вернуть палестинскому лидеру свободу общения с миром и со своими соотечественниками».
5 мая 2005 г. Священный Синод Иерусалимской Церкви отрешил от кафедры Патриарха Иринея. Патриарх не признал этого решения, и Синод Иерусалимского Патриархата обратился за содействием к Предстоятелям Поместных Православных Церквей. 24 мая был созван Собор Глав и представителей автокефальных Православных Церквей; Русскую Православную Церковь представляла делегация во главе с митрополитом Кириллом. Собор постановил признать решение Священного Синода Иерусалимского Патриархата. На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви 16 июля 2005 г. позиция делегации Русской Православной Церкви была одобрена. Митрополит Кирилл возглавил делегацию Русской Православной Церкви, прибывшую на интронизацию Иерусалимского Патриарха Феофила III в ноябре 2005 г.
Особые братские отношения в непростые годы, осложненные политическим и даже военным противостоянием, удалось сохранить с Грузинской Православной Церковью. Русская Церковь неизменно подтверждала и свою позицию по вопросу о канонической территории Грузинской Церкви в отношении Абхазии и Южной Осетии, и свою готовность «способствовать установлению диалога между заинтересованными сторонами, дабы нормализовать церковное положение в регионе в строгом соответствии со священными канонами Церкви». В 2003 и в 2008 гг., во время наиболее сложных межгосударственных отношений, состоялись визиты Католикоса-Патриарха всея Грузии Илии II в Москву и визиты делегаций Русской Православной Церкви в Грузию.
С самых первых дней югославского кризиса Русская Православная Церковь поддерживала сербский народ и Сербскую Православную Церковь (СПЦ). Сепаратистские войны, которые велись на территории Югославии при поддержке США и НАТО, приносили, как сказано в заявлении Патриарха Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви от 12 мая 1993 г., «тяжкие страдания» Церкви и сербскому народу. Русская Православная Церковь призвала лидеров мирового сообщества «избегать предвзятого отношения к какой-либо из сторон конфликта». В 1994 и 1999 гг., в самые трагические для сербского народа дни, делегация Русской Православной Церкви во главе с Патриархом Алексием II посетила Сербскую землю. Митрополит Кирилл готовил визиты и сопровождал Патриарха в этих поездках, целью которых была поддержка сербского народа и Сербской Церкви.
Владыка Кирилл прилагал много сил для консолидации позиций религиозных лидеров в России и за рубежом в отношении войны в Югославии. Заявления с протестами против бомбардировок сербских городов и сел были приняты Межрелигиозным советом России, Христианским межконфессиональным консультативным комитетом стран СНГ и Балтии. 5 мая 1999 г. в ОВЦС по инициативе митрополита Кирилла состоялась встреча с представителями офиса по экуменическим связям и служению за рубежом Евангелической церкви в Германии. Одним из итогов московской встречи стало образование неформальной Международной христианской миротворческой группы по Югославии. 18 мая 1999 г. в Вене на первом заседании были согласованы основные позиции по мирному разрешению кризиса в Югославии. 27 мая 1999 г. митрополит Кирилл и три члена группы посетили Белград, где встретились со С. Милошевичем, с Патриархом Сербским Павлом и членами Синода СПЦ, а также со специальным представителем Президента России по урегулированию ситуации вокруг Югославии В.С. Черномырдиным. В храмах Москвы и в других епархиях Русской Православной Церкви шел сбор средств в помощь беженцам из Косова. В июле 1999 г., после доклада митрополита Кирилла о ситуации в Косове, было издано воззвание Священного Синода Русской Православной Церкви.
В ноябре 1999 г. по инициативе митрополита Кирилла в Норвегии состоялась Межхристианская конференция «Европа после Косовского кризиса: Дальнейшие действия Церквей». В своем докладе на этой конференции митрополит Кирилл сформулировал ответ на самый острый вызов нового глобального мироустройства, при котором государственные границы и суверенитет уже не останавливают правительства наиболее экономически и технологически сильных стран от вмешательства в судьбы иных народов:
«Нельзя игнорировать волю народов, даже если эта воля непонятна сильным мира сего. Сотрудничество, если мы действительно к нему стремимся, должно предполагать не подавление, унификацию или навязанные извне "перемены", но готовность признать за каждым участником диалога право на самобытность и право адекватно влиять на выработку общей точки зрения». Еще один урок, который косовские события дали христианскому сообществу, — урок солидарности и настойчивости. «Церкви могут и не быть услышаны. У нас есть печальный опыт: во время обострения вооруженного конфликта сильные мира сего практически проигнорировали голос христиан, осудивших войну и призывавших к миру. Однако Церквам необходимо продолжать диалог с политиками и руководством средств массовой информации, нелицеприятно представляя им позицию, твердо основанную на нормах христианской нравственности… При этом Церквам надлежит не просто реагировать на уже происшедший конфликт, но учиться пророчески предвидеть конец пагубного пути».
В декабре 1999 г. при участии ОВЦС и под эгидой международной христианской организации «Церкви в совместном действии» начался первый этап разработанной Русской Православной Церковью при участии СПЦ и международных христианских организаций программы помощи вынужденным переселенцам в Сербии: переселенцы, находившиеся в организованных СПЦ лагерях около Белграда, начали получать продукты питания. Совместно с правительством Швейцарии и МЧС России ОВЦС подготовил программу по оказанию гуманитарной помощи населению Югославии «Лазарь», но она на последнем этапе не нашла поддержки у югославского правительства. 7 марта 2000 г. Священный Синод поручил ОВЦС координацию со стороны Русской Православной Церкви всех межцерковных программ помощи вынужденным переселенцам в Сербии.
В ноябре 2000 г. митрополит Кирилл во время визита в Югославию встречался со Святейшим Патриархом Павлом и членами Синода Сербской Православной Церкви, был принят Президентом Югославии В. Коштуницей. Главной темой переговоров были вопросы развития диалога и сотрудничества между Россией и Югославией при активном участии двух Поместных Православных Церквей. В эти же дни митрополит Кирилл писал: «С сожалением приходится констатировать, что усилия по поддержанию мира, предпринимаемые под контролем ООН и НАТО, не всегда адекватно отвечают интересам сербского населения… На примере Косова мир становится свидетелем ужасающей гуманитарной катастрофы, вопиющих актов антихристианского и антикультурного вандализма… Сербское население, а также иные этнические меньшинства в Косове фактически переходят на осадное положение, заключаются в некие гетто, защитить которые могут только международные силы». Митрополит Кирилл назвал «грубым и лицемерным давлением» принятый европейским сообществом подход, когда «возможность восстановления разрушенной экономики, да и жилья ставится в жесткую зависимость не только от этнического состава населения отдельных районов Югославии, но и от политического выбора их жителей».
В заявлении Священного Синода «в связи со второй годовщиной бомбардировок Югославии и новыми трагическими событиями на Балканах», принятом 3 апреля 2001 г., говорилось: «Все это происходит при попустительстве стран, взявших на себя ответственность за водворение мира в Косове. На деле они создали положение, когда люди продолжают страдать, закон грубо попран, а сербская и албанская общины, разделенные войсками и беспредельной враждой, вряд ли смогут далее жить вместе. Это не мир. Это превращение конфликта в постоянную ненависть». Заявление прозвучало в разгар новой фазы югославского кризиса, охватившего территорию Македонии, и Русская Православная Церковь призвала мировое сообщество «не допустить в Македонии ошибок Косова. Террору и радикализму должен быть положен решительный предел».
В марте 2004 г. в ходе антисербских этнических чисток в Косове погибли десятки людей, тысячи — депортированы, были сожжены и разрушены многие православные храмы. В заявлении Священного Синода Русской Православной Церкви, принятом по докладу митрополита Кирилла, говорилось, что «необходимо срочно остановить исход сербского населения из края, прекратить варварское уничтожение находящихся здесь святынь и памятников архитектуры». Русская Православная Церковь «готова участвовать в организации и осуществлении международной помощи косовским беженцам и всем, кто страдает от кровавого конфликта».
В этот период особую важность приобрел вопрос о статусе территории Косова и Метохии: он обсуждался в ноябре 2005 г. на встрече Патриарха Алексия II и митрополита Кирилла с Президентом Сербии Б. Тадичем и 27 февраля — 3 марта 2006 г. на встрече с делегацией Сербской Церкви. На Архиерейском Соборе 2013 г. уже Патриарх Кирилл, охарактеризовав положение православных сербов в Косове и Метохии как «трагичное», заверил Сербскую Церковь в братской поддержке со стороны Русской Православной Церкви в «ее нелегкой миссии в этом крае».
По благословению Его Святейшества осуществлялся сбор средств для помощи косовским сербам, а также пострадавшим от катастрофического наводнения 2014 г.
15 апреля 2008 г. Священный Синод выступил с заявлением, в котором осудил одностороннее провозглашение независимости Косова.
В 1999 году митрополит Кирилл проводил в Кишиневе переговоры между Московским Патриархатом и Румынской Православной Церковью по проблеме Бессарабской митрополии в Молдове.
Ясным свидетельством православного единства стало преодоление совместными усилиями раскола в Болгарской Православной Церкви (БПЦ). Возникший в начале 90-х гг. XX в., он развивался при поддержке государственной власти. Во время визита в Москву в мае-июне 1996 г. Болгарского Патриарха Максима руководство Русской Православной Церкви выразило ему свою полную поддержку. На переговорах в Москве и в Киеве, который также посетил Патриарх Максим, обсуждались действия по преодолению раскола. 30 сентября — 1 октября 1998 г. в Софии под председательством Константинопольского Патриарха Варфоломея состоялось Межправославное совещание, созванное по просьбе Патриарха Максима. На заседаниях помимо Патриархов присутствовали митрополиты, епископы и клирики БПЦ, предстоятели и представители других Поместных Православных Церквей. Русскую Церковь представлял митрополит Кирилл. Представители раскольников явились на заседание, чтобы просить о прощении. Они признали Патриарха Максима единственным законным главой БПЦ и отказались от полученных ими во время раскола архиерейских назначений.
Весной 1992 г. Патриарх Алексий II вместе с митрополитом Кириллом посетил Кипрскую Православную Церковь. Во время встреч с главой Кипрской Церкви Архиепископом Хризостомом I и Президентом Кипра Г. Василиу обсуждался комплекс вопросов, связанных с мирным урегулированием проблемы, возникшей после оккупации турецкими войсками северных территорий Кипра. В ходе визита обсуждались также общеправославные проблемы и особо — римско-католическая экспансия на каноническую территорию Русской Православной Церкви и прозелитическая деятельность протестантов. По итогам переговоров было издано совместное коммюнике, в котором Кипрская Церковь полностью поддержала Русскую Православную Церковь.
Состоявшийся в июне 1992 г. визит делегации Русской Православной Церкви во главе с Патриархом Алексием II в Элладскую Церковь еще раз доказал способность православных общин к единению. По итогам переговоров с участием митрополита Кирилла было заявлено, что дальнейший диалог с Католической Церковью невозможен, пока «Рим ясно не откажется от унии как способа и модели единства», не прекратит поддерживать агрессию униатов на Западной Украине. В 2001 г. основным предметом переговоров с главой Элладской Церкви Архиепископом Христодулом во время его визита в Москву стало сотрудничество двух Церквей в «области контактов с европейскими общественными организациями, в частности с Советом Европы, Европейским общеэкономическим союзом, европейскими структурами ООН». Актуальность этой темы существенно возросла в связи с принятием объединенной Европой корпуса новых законодательных актов. Митрополит Кирилл особо отметил во время переговоров, что Русская и Элладская Церкви должны внимательно следить, «чтобы создающиеся нормы не противоречили православной традиции, чтобы православные не оказались вне закона, то есть не были поставлены в позицию выбора между церковным и светским законами». Эта позиция была также подтверждена во время совместных переговоров в 2006 г.
Православная Церковь в Америке (ПЦА), которой в 1970 г. Русская Церковь даровала автокефалию и которая с тех пор по инициативе Константинопольского Патриархата оказалась в искусственной изоляции, все эти годы получала поддержку Русской Церкви. «Мы, как Церковь-Мать по отношению к Американской Церкви, — писал, формулируя позицию Русской Православной Церкви, митрополит Кирилл в 2003 г., — понимаем и принимаем ответственность за ее грядущую судьбу». В апреле 1990 г. Москву посетил Предстоятель ПЦА митрополит Американский и Канадский Феодосий (Лазор), с которым митрополит Кирилл обсудил расширение взаимодействия двух Церквей в катехизической, миссионерской и образовательной деятельности. В 1993 г. состоялся визит Патриарха Алексия II в США в связи с празднованием 200-летия Православия в Америке. Митрополит Кирилл неоднократно посещал ПЦА и принимал делегации в Москве; в 1999 г. было открыто подворье ПЦА в Москве. В июле 2002 г. митрополит Кирилл присутствовал на XIII Всеамериканском Соборе ПЦА в Орландо (шт. Флорида). Отметив важность данного Собора «в перспективе формирования единой Поместной Православной Церкви в Америке», митрополит Кирилл призвал сохранять как историческое сокровище многонациональный и поликультурный характер Православия в Америке: «От того, по какому пути пойдет формирование взаимоотношений между носителями различных национально-религиозных традиций внутри Американской Автокефальной Церкви, будет зависеть и то, как Церкви-Матери станут рассматривать вопросы самостоятельности своих епархий на территории США. И потому любая культурно-историческая традиция: греческая, арабская, румынская, русская, болгарская или иная — должна быть бережно сохранена и приумножена в лоне Американской Православной Церкви». Утверждение самостоятельности Православной Церкви в Америке всегда оставалось неизменной позицией руководства Русской Православной Церкви.
Патриарх Кирилл, будучи еще студентом Ленинградской духовной академии, стал первым представителем Русской Православной Церкви в международном содружестве православной молодежи «Синдесмос», а с 1971 по 1977 гг. являлся членом его Исполнительного комитета. Он был участником VIII (Бостон, 1971 г.), IX (Женева, 1977 г.), Х (Финляндия, 1980 г.), XIV (Москва, 1992 г.) и XVII (Албания, 2003 г.) Генеральных Ассамблей этой организации.
Митрополит Кирилл принимал также активное участие в первом Предсоборном Всеправославном совещании (Шамбези, 1976 г.) и Межправославной комиссии по подготовке Святого и Великого Собора Восточной Православной Церкви (Шамбези, 1993, 1999 гг.), был главным докладчиком на всеправославной консультации «Общее понимание и видение ВСЦ» (Шамбези, 1995 г.) и участником Всеправославной консультации по вопросам экуменизма (Салоники, 1998 г.).
На межправославные отношения в последнее десятилетие XX в. существенное влияние оказали, с одной стороны, распад СССР и социалистического восточноевропейского блока, с другой — усиление политического фактора в отношениях между Церквами, связанное с желанием глав ряда Церквей, прежде всего избранного в 1991 г. Константинопольского Патриарха Варфоломея, усилить свою роль в православном мире, воспользовавшись в том числе ростом националистических настроений у части церковных элит. В условиях, когда влияние России в международных делах существенно ослабло, было важно сохранить международный авторитет Русской Православной Церкви. Роль митрополита Кирилла как руководителя дипломатического направления в деятельности самой многочисленной православной Церкви стала определяющей в деле укрепления общеправославного единства и братских связей между Поместными Православными Церквами.
На третьем Всеправославном предсоборном совещании 28 октября — 6 ноября 1986 г. была утверждена повестка очередного предсоборного совещания, включающая следующие вопросы: 1) о православной диаспоре; 2) о церковной автокефалии и порядке ее провозглашения; 3) о церковной автономии и порядке ее провозглашения; 4) о церковных диптихах.
Созыв четвертого Всеправославного предсоборного совещания был намечен на ближайшее время, после ознакомления всех Церквей с докладами, подготовленными по упомянутым темам. Однако четвертое предсоборное совещание было созвано только 23 года спустя. Приостановка процесса подготовки Всеправославного Собора была связана с тем, что в 90-х гг. XX в. существенно омрачились двусторонние отношения между Константинопольской и Русской Церквами, прежде всего из-за «эстонского вопроса». Намерение Константинополя сделать ЭАПЦ полноправным участником общеправославных совещаний привело к остановке предсоборного процесса. Попытка продолжить обсуждение наиболее актуальных вопросов на заседании Межправославной комиссии в марте 1999 г. оказалась безуспешной — в связи с приближающимся празднованием 2000-летия Рождества Христова было решено отложить обсуждение наиболее острых вопросов.
Митрополит Кирилл, возглавлявший работу делегаций Русской Православной Церкви, твердо отстаивал позиции Русской Церкви по многим пунктам, в частности в вопросах о диаспоре и о порядке предоставления автокефалии. Несмотря на трудность противостоять вызовам, ставящим под угрозу межправославное единство, митрополит Кирилл делал все от него зависящее для укрепления отношений между Церквами: «Насколько ни было бы опасным современное развитие событий, в том числе и в межправославных отношениях, нужно молиться и трудиться для сохранения канонического и евхаристического общения между Поместными Православными Церквами, несущими миру свидетельство о Древней неразделенной Церкви». Более того, именно сложившиеся условия, чреватые наибольшей опасностью для единства Церквей, требуют, по мнению митрополита Кирилла, «систематических и серьезных инициатив по консолидации православного мира на всех направлениях… Хотел бы подчеркнуть, — сказал митрополит Кирилл, — значение духовной составляющей для консолидации православного мира. Поместные Церкви соединены друг с другом теснейшими узами мистического единства. Они составляют Единую Церковь Христову, в которой и через которую преодолеваются человеческие разделения. И пока сохраняется это единство, сохраняется надежда на единство православного мира».
Это лишь основные вехи церковно-дипломатических достижений митрополита Кирилла по развитию и укреплению контактов между Православными Церквами.