Распад СССР, помимо множества тяжелейших социально-экономических последствий, спровоцировал ряд многолетних межнациональных конфликтов в Молдавии, Таджикистане, Грузии, Армении и Азербайджане. Возникла потенциальная опасность военных конфликтов между бывшими республиками СССР. 17 января 1992 г. митрополит Кирилл, выступая перед собранием офицеров армии и флота, предупреждал, что «политика радикального суверенитета в наших условиях не может быть осуществлена без огромного риска нанести нравственный ущерб обществу и спровоцировать тягчайшие социальные последствия».
2 марта 1994 г. по инициативе митрополита Кирилла состоялась встреча Святейшего Патриарха Алексия II с министром обороны Российской Федерации, на которой было решено образовать координационный комитет по взаимодействию между Вооруженными Силами РФ и Русской Православной Церковью с целью «организовать взаимодействие в деле возрождения российской духовности и традиций верного служения Отечеству, всемерно развивать сотрудничество» в различных сферах. Командованию воинских частей и церковным структурам было предложено содействовать «пастырским посещениям» военнослужащих и членов их семей в гарнизонах. В течение года были разработаны базовые документы, заключены договоры о сотрудничестве с различными министерствами и ведомствами, имеющими вооруженные формирования. 23 мая 1995 г. в ОВЦС был создан специальный сектор для курирования этого нового направления деятельности Русской Православной Церкви. 16 июля 1995 г. на заседании Священного Синода митрополит Кирилл предложил в связи с резким увеличением работы по данному направлению «выделить эту область деятельности из внешних церковных сношений и образовать на общецерковном уровне специальную самостоятельную структуру». В том же году на базе сектора ОВЦС был создан Синодальный отдел по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными органами.
В феврале 1995 г., в разгар первой антитеррористической операции в Чеченской республике, в ОВЦС был создан координационный комитет по оказанию гуманитарной помощи пострадавшим от действий незаконных вооруженных формирований. Вместе с представителями международной христианской организации «Церкви в совместном действии» и при активном участии духовенства и прихожан грозненского храма во имя Архангела Михаила сотрудники ОВЦС открыли два постоянно действовавших представительства в районе гуманитарной катастрофы: в Хасавюрте (28 апреля 1995 г.) и в Грозном (27 июня 1995 г.). Представительства оказывали поддержку детским садам и интернатам в Грозном, помощь в восстановлении домов многодетных семей, разрушенных во время военных действий, организовывали бесплатные столовые. Деятельность миссии в Грозном была прервана 24 февраля 1996 г. после вооруженного нападения на ее сотрудников. Миссия в Хасавюрте существовала еще некоторое время.
В начале 1996 г. боевики захватили в Чечне протоиерея Сергия Жигулина (заведующего сектором ОВЦС по межрелигиозным связям) и священника Анатолия Чистоусова (настоятель храма во имя Архангела Михаила в Грозном). Борьба за их спасение стала важнейшим делом митрополита Кирилла: помимо заявлений Патриарха и Синода, визита в Северокавказский регион делегации во главе с Патриархом Алексием II (владыка Кирилл также был в составе делегации), велись напряженные официальные и неофициальные переговоры с властями Российской Федерации, с международными организациями, с представителями зарубежных стран. Протоиерей Сергий был освобожден, священник Анатолий погиб в плену.
Во время второй чеченской кампании в 1999 г. сепаратисты вновь захватили в заложники священнослужителей Русской Православной Церкви (в Ингушетии были похищены протоиереи Петр Макаров и Петр Сухоносов). После доклада митрополита Кирилла об этом событии на заседании Священного Синода 31 марта 1999 г. Синод принял жесткое заявление, подготовленное митрополитом, в котором говорилось:
«Ни от кого более нельзя скрывать, что подобные злодейства совершаются на Северном Кавказе постоянно. Преступники буквально каждую неделю похищают по нескольку мирных жителей, а нападения на православных пастырей стали обычным делом. Все это позволяет говорить о целенаправленном, методичном выдавливании верующих нашей Церкви из региона, которое больше не может быть терпимо. Весьма печально сознавать, что преступления происходят на фоне беспомощности федеральных и местных органов власти, почти полного молчания международного сообщества».
Русская Церковь потребовала «принять самые решительные меры для того, чтобы преступники были наказаны по всей строгости закона, а православные священнослужители и другие заложники освобождены без всяких условий». Заявление содержало и обращение к мусульманским лидерам России: «Последние события поставили под самую серьезную угрозу не только межнациональные, но и межрелигиозные отношения». Синод призвал исламских религиозных деятелей «решительно воспрепятствовать преступным деяниям». И снова Патриарх Алексий II и митрополит Кирилл отправляли письма государственным деятелям, духовным лидерам ислама, вели переговоры с властями Российской Федерации и Ингушетии и добились освобождения священников.
7 марта 2000 г. Священный Синод принял заявление уже в связи с «завершающей стадией» антитеррористической операции в Чечне. Необходимо уважать традиционный для этого региона образ жизни, предписанный исламом; при этом «на земле Чечни должны быть восстановлены права верующих других религий, в том числе православных христиан, — мы знаем, что эти права были растоптаны боевиками, которые притесняли верующих, похищали и истязали пастырей». В заявлении также говорится о необходимости гуманного отношения к пленным боевикам.