Во время заседаний Архиерейского Собора 1994 г. стала очевидной насущная необходимость разработать целостное учение о церковно-государственных отношениях, и Собор поручил Священному Синоду «создать рабочую группу для выработки проекта такого документа с последующим представлением его на обсуждение Поместного Собора». В июне 1995 г. Синод назначил митрополита Кирилла руководителем «синодальной рабочей группы для выработки проекта концепции, отражающей общецерковный взгляд на вопросы церковно-государственных отношений и проблемы современного общества в целом». Это решение стало началом работы большой группы церковных и светских экспертов под руководством митрополита Кирилла над всеобъемлющим документом «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви». Предстояло «сформулировать общецерковную социальную концепцию — не партийную, "правую" или "левую", а укорененную в Священном Писании и Священном Предании, следующую в русле и в духе нашей богословской традиции».
Назначение руководителем рабочей группы именно митрополита Кирилла было обусловлено не только наличием в ОВЦС необходимых интеллектуальных ресурсов, но и тем, что церковно-общественные отношения уже с начала 90-х гг. XX в. стали средоточием усилий и деятельности митрополита. В начале 1990 г. в статье «Церковь в отношении к обществу в условиях перестройки» владыка Кирилл определил новые задачи в этой сфере: «Церкви нужно проявлять внимание к экономическим условиям жизни людей и к процессу развития демократических институций», активно заниматься благотворительностью, помощью обездоленным, религиозно-нравственным воспитанием.
В феврале 1990 г. митрополит Кирилл докладывал Священному Синоду об установлении через ОВЦС взаимодействия Русской Православной Церкви с Министерством здравоохранения СССР по программе преодоления алкоголизма и наркомании. Вскоре митрополит Кирилл подписал ряд документов, ставших первым опытом сотрудничества Церкви и государства.
20 марта 1990 г. была образована Комиссия Священного Синода по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности, председателем которой стал владыка Кирилл. Он полагал, что «комиссия призвана стать органом, способным координировать инициативы, возникающие "снизу", стать платформой для дискуссий и местом примирения различных групп церковной общественности. Однако комиссия не должна быть контролирующим и направляющим учреждением. Ее задача — аккумулировать идеи, сформулировать стройную программу действий и помогать новым движениям сохранять единство с Церковью». Особое внимание митрополит Кирилл уделял самоорганизации православных мирян, всемерно поддерживая процессы объединения их в братства. 12 октября 1990 г. под его председательством прошел учредительный съезд Союза православных братств.
Еще одним направлением деятельности комиссии стала помощь пострадавшим от аварии на Чернобыльской атомной станции (26 апреля 1986 г.), была организована общецерковная и епархиальная помощь пострадавшим. Тогда же митрополит Кирилл сформулировал общие принципы общественно значимой деятельности Русской Православной Церкви:
«Церковь, участвуя в общественной жизни, не преследует политических целей. Церкви чуждо стремление к политическому лидерству, она лишена политических амбиций… Она стремится стать голосом совести своего народа, выражая не сиюминутные политические, национальные, классовые или прочие корпоративные интересы, но служа интересам народа, как она понимает эти интересы в свете великих и неизменных нравственных ценностей Евангелия».
В докладе на заседании Священного Синода 25 октября 1990 г. митрополит Кирилл подчеркнул актуальность разработки концепции религиозно-нравственного воспитания и церковной благотворительности. Синод одобрил это предложение и поручил митрополиту Кириллу незамедлительно приступить к созданию такого документа (он был представлен уже летом 1991 г.).
Также митрополиту Кириллу было поручено создать на базе синодальной Комиссии по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности «многопрофильную церковную школу по подготовке тружеников в сфере религиозно-нравственного воспитания, благотворительности и милосердного служения страждущим, включая наркологических больных». Спустя неполный год на основе деятельности комиссии по инициативе митрополита Кирилла был образован Синодальный отдел по церковной благотворительности и социальному служению. За короткое время своего существования синодальная комиссия по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности успела провести несколько конференций, учредить первое православное братство трезвости «Отрада и Утешение», братство Покрова Божией Матери, начала работу по созданию молодежного центра и центра православных женщин.
В 1995 г. Президент России создал при себе консультативный орган «Совет по взаимодействию с религиозными организациями», активным членом которого стал митрополит Кирилл.
Работа над «Основами социальной концепции Русской Православной Церкви» стала первым опытом подготовки церковного документа с привлечением большого круга участников: ученых, политологов, юристов, экономистов и т.д. Было проведено около 30 заседаний рабочей группы. В феврале 1997 г. Священный Синод принял предложение митрополита Кирилла о новой методике разработки общецерковных документов, предусматривающее предварительное широкое обсуждение отдельных разделов на симпозиумах с привлечением экспертов, церковной и светской общественности.
В начале 2000 г. на симпозиуме «Церковь и общество — 2000» проект прошел окончательное экспертное обсуждение и 19 июля был одобрен Священным Синодом. Представляя «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви» на Архиерейском Юбилейном Соборе Русской Православной Церкви 2000 г., митрополит Кирилл сформулировал основную задачу этого документа:
«Нам необходимо дать принципиальный, богословский ответ на проблемы церковно-государственных и церковно-общественных отношений, предназначенный для всех наших пастырей, для всей паствы. А они живут в многочисленных странах, как на канонической территории Русской Церкви, так и за ее пределами. И цель работы мы видели в том, чтобы подготовить базовый документ, рассчитанный не на год-два, но, по крайней мере, на ближайшие десятилетия». Разработчики "Основ…" исходили из того, что «в условиях колоссальных исторических перемен, которые произошли в нашем обществе, да и в мире в целом в конце второго тысячелетия, мы не можем ограничиваться отдельными заявлениями по злободневным вопросам. Необходима долгосрочная программа общественного служения Церкви, опирающаяся на православное богословское осмысление положения Церкви в плюралистическом секулярном обществе. Общество, к которому принадлежит большинство нашей Церкви, не определяется более идеологией государственного атеизма, как в предшествовавшие десятилетия, но отнюдь не является и однородно-православным, как это было на протяжении долгих веков — большей части второго тысячелетия».
В принятых Архиерейским Собором «Основах социальной концепции Русской Православной Церкви» последовательно раскрыта тема взаимоотношений Церкви с государством и обществом как в целом, так и в актуальных аспектах: Церковь и нация, Церковь и государство, Церковь и политика, Церковь и светские СМИ, христианская этика и светское право, взаимоотношения христианства и светской науки, культуры и образования; изложено православное учение о труде, собственности, личной, семейной и общественной нравственности, о личном и общенародном здоровье; сформулировано отношение к вопросам глобализации и секуляризации как мировых тенденций развития к войне и миру, явлениям преступности и системе наказаний, к проблемам биоэтики, экологии. «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви» стали базовым документом для многих общецерковных решений на последующее время. Кроме того, митрополит Кирилл представлял «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви» на Парламентских слушаниях в Москве в 2001 г.
Также владыка Кирилл активно участвовал в церковно-государственном диалоге: был главным докладчиком Парламентских слушаний 2003 г. по теме «Религия и здоровье» и в 2004 г. — «Совершенствование законодательства о свободе совести и о религиозных организациях: практика применения, проблемы и пути решения». Выступал с докладами в Государственной Думе Российской Федерации на международной конференции «Многонациональная Россия в XXI веке: диалог культур и религий, права человека» (2006 г.), на заседании Объединенной комиссии по национальной политике и взаимоотношениям государства и религиозных объединений (2006 г.), на заседании Комиссии по вопросам религиозных объединений при Правительстве Российской Федерации (2006 г., 2007 г.), на Конгрессах соотечественников (Москва, 1991 г., 2001 г.; Санкт-Петербург, 2006 г.), на всероссийском совещании Совета Федерации Российской Федерации «Россия многонациональная» (Москва, 2006 г.).