Взаимодействие Русской Православной Церкви и других традиционных религий нашей страны осуществляется на постоянной основе в рамках Межрелигиозного совета России (МСР). МСР выражал консолидированную позицию традиционных религий России по таким актуальным темам, как защита прав семьи и ребенка, противодействие абортам, утверждение традиционных семейных ценностей, миграция, ограничение игорного бизнеса, борьба с наркотрафиком, распространение экстремизма под религиозными лозунгами, разжигание розни на этноконфессиональной почве, охрана правопорядка, концепция свободы и прав человека, оскорбление чувств верующих и др.
Одним из важных направлений деятельности МСР за прошедшее десятилетие стало содействие развитию теологического образования и науки. В частности, в 2013 и 2015 гг. члены МСР во главе с Почетным председателем Совета Святейшим Патриархом Кириллом направляли письма на имя Президента Российской Федерации В.В. Путина с просьбой признать специальность «Теология» в качестве научной специальности. Во многом именно благодаря консолидированной позиции лидеров традиционных религий, выраженной ими в рамках МСР, удалось добиться существенного продвижения в этой области, благодаря чему в настоящее время проходят защиты диссертаций по теологии, а признание теологии научной специальностью придало большой импульс к развитию этой дисциплины в системе высшего образования.
Святейший Патриарх Кирилл принимал участие в заседании МСР 18 декабря 2013 г., посвященном 15-летию Совета, а также возглавил заседания Совета 21 февраля и 24 октября 2017 г., на которых обсуждались темы псевдорелигиозного экстремизма и свободы творчества.
6 декабря 2018 г. в Патриаршей и Синодальной резиденции в московском Даниловом монастыре состоялось торжественное заседание Президиума Межрелигиозного совета России, посвященное 20-летию со дня основания этой организации. Заседание возглавил Почетный председатель МСР Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. В своем докладе Святейший Патриарх, в частности, отметил, что Межрелигиозный совет России — самая авторитетная межрелигиозная организация в нашей стране, которая позволяет лидерам традиционных религий сообща реагировать на вызовы современности.
«История взаимоотношений верующих нашей страны является уникальной, ибо включает в себя не только славные страницы взаимопомощи и сплочения перед лицом общего врага, но и трагический опыт гонений при атеистическом режиме, — свидетельствовал Его Святейшество. — Этот опыт, на мой взгляд, сегодня способствует благожелательному диалогу с людьми других взглядов и убеждений, учит ценить возможность жить и развиваться в соответствии со своей религиозно-культурной традицией. Как говорится в заявлении Межрелигиозного совета России, принятом в 2010 году, Россия является общим домом для представителей разных этносов и культур, поэтому мы призваны уважать национальные чувства и образ жизни любого народа, бережно хранить и приумножать многовековые традиции добрососедства и соработничества во имя процветания нашего Отечества».
Участники заседания выразили благодарность Святейшему Патриарху Кириллу за его большой вклад в развитие конструктивного сотрудничества религиозных общин, укрепление межрелигиозного и межнационального мира и согласия в стране.