На рубеже 80-х и 90-х гг. XX в. нарастали центробежные процессы в СССР, страну захлестнули межэтнические конфликты (в Карабахе и Сумгаите в 1988 г., в Кишиневе и Сухуме в 1989 г., в Баку и Цхинвале в 1990 г.), которые вскоре спровоцировали и распад СССР (с осени 1989 г. в течение года все республики СССР приняли документы о государственном суверенитете). В статье «Церковь в отношении к обществу в условиях перестройки» владыка Кирилл предупреждал о несовместимости представлений о национальном превосходстве с христианским мировоззрением: «Сам факт принадлежности к Церкви бросает вызов национализму, ибо национализм есть национальная гордыня и национальный эгоизм». Задача Церкви в условиях нарастающих национальных конфликтов — «нести слово примирения» и своими действиями не допускать кровопролития.
Необходимо было сохранить каноническое единство Русской Церкви на ее исторической территории. 22 октября 1991 г. по предложению митрополита Кирилла было принято обращение Патриарха и Священного Синода:
«Мы сознаем, что существующие структуры церковного управления, сложившиеся исторически, могут претерпевать изменения. Однако мы решительно выступаем против того, чтобы эти изменения осуществлялись вопреки воле народа Божия, составляющего Церковь, с пренебрежением к священным канонам и в силу чуждых политических расчетов».
В этом заявлении содержался и четкий ответ тем националистическим силам, которые выступали против единства Русской Православной Церкви, обвиняя ее в «имперских» амбициях. Откликаясь на создание Содружества Независимых Государств (СНГ) (8 и 21 декабря 1991 г.), Священный Синод принял заявление, в котором говорится, в частности, о том, что «отстаивая собственную свободу, нельзя ограничивать свободу ближнего», нельзя воздвигать искусственные барьеры непонимания и отчуждения между народами, соединенными историческими, религиозными, культурными связями.
Сохранение и укрепление единства Русской Православной Церкви требовало неотложных мер. В решении этой задачи митрополит Кирилл как председатель ОВЦС принимал непосредственное участие:
«Сепаратистские тенденции, которые возникли с распадом Советского Союза, отразились на жизни Церкви самым непосредственным образом. Не все расколы удалось предотвратить, некоторые процессы выходят не только за рамки возможностей Отдела внешних церковных сношений, но даже и за пределы возможностей всей Церкви… И все же мне кажется, если бы не участие Отдела внешних церковных сношений в решении ряда вопросов, все там происходило бы гораздо более драматично».