2 августа 1999 г. между Русской Православной Церкви и Министерством образования России был подписан договор о совместной деятельности, создан координационный совет при Министерстве образования, было разрешено религиозное обучение детей в государственных школах, началась подготовка к введению в светских образовательных учреждениях предмета «Основы православной культуры».
Однако диалог с государственной властью и обществом о новом учебном курсе, предложенном Русской Церковью, длился более 10 лет, и митрополит Кирилл, опираясь в том числе и на свой опыт епархиального архиерея, принимал в нем самое активное участие. Митрополит Кирилл напрямую связал преподавание «Основ православной культуры» с необходимостью гармонизации национального самосознания, усвоения подрастающим поколением тех норм, на которых на протяжении веков строился семейный уклад наших предков, тем самым продолжив на новой дискуссионной площадке важную для него тему сохранения традиционных религиозно-нравственных и культурных ценностей:
«Наша борьба за человеческую нравственность — это борьба за жизнь, за спасение человеческой личности и всего рода людского... Как люди верующие, мы знаем, что спасение переходит в вечность. Но и далекий от Церкви человек, если он только не утратил способности додумывать мысли до конца, должен понимать и признавать, что борьба Церкви за общественную и личную нравственность — это борьба и за его собственное спасение, за достойное качество его жизни. В связи с этим решение вопроса о преподавании "Основ православной культуры" — не рядовой эпизод церковной истории, но дело огромной важности, от успеха которого во многом зависит, какое будущее ожидает наше Отечество».
Именно нравственный аспект нового учебного курса, по мнению митрополита Кирилла, делал невозможным подмену его уроками конфессионально нейтрального обзорного религиоведческого курса, как предлагала это сделать часть педагогического экспертного сообщества: «Речь должна идти не о теплохладном религиоведении, сводящем сведения о разных религиях в один учебник и развивающем у детей скептически-релятивистское отношение к религии». Напротив, «для того, чтобы мировоззренческий и нравственный потенциал традиционных религий России мог реально повлиять на нравственное состояние молодежи и всего общества, важно использовать этот потенциал прежде всего в системе образования». Митрополит Кирилл настаивал, что преподавание нового предмета должно вестись на альтернативной основе: «Если в классе есть мусульмане, для них могут вестись "Основы исламской культуры"». Такая же возможность должна быть у атеистически настроенных родителей, например, в виде изучения основ светской этики.
Сталкиваясь с многолетним противодействием введению нового предмета, митрополит Кирилл не уставал разъяснять, что преподавание этого предмета не означает ни клерикализации светской школы, ни желания Церкви увеличить за счет школьников свою паству:
«Опасаются, что преподавание "религиозной" дисциплины в школах повлечет за собой увеличение доли верующих в структуре нашего общества, которые в соответствии с их убеждениями и представлениями смогут более активно влиять на развитие страны. Прежде всего замечу, что и обществу, и государству это будет только на пользу. Но для того, чтобы стать религиозным человеком, недостаточно простого знания нормы веры. Необходимо иметь реальный религиозный опыт, быть в общении с Богом в Его Церкви, а научение всему этому как раз не является целью школьного образования, в том числе и в рамках "Основ православной культуры". Однако совершенно очевидно, что преподавание этой культурно-исторической и духовно-нравственной дисциплины будет содействовать известной гуманизации общества. Это подтверждается и опытом в тех странах, где такое преподавание существует».
И вновь потребовались десятки статей, телевизионных интервью и выступлений, чтобы донести до взбудораженного общества мысль о нравственной составляющей предмета «Основы православной культуры» и о той очевидной общественной пользе, которую может принести преподавание этого предмета.
«Знаю по своему опыту: даже те родители, которые не очень желают, чтобы их дети росли "набожными", стремятся дать им духовно-нравственное образование в воскресной школе, православной гимназии или лицее, отстаивают преподавание "Основ православной культуры" в светских средних учебных заведениях. Почему это происходит? Да потому, что многие взрослые понимают: современный мир слишком коварен и жесток, и ребенок, чтобы не стать наркоманом, алкоголиком, преступником, то есть пропащим человеком, должен взрастить в своей душе ростки добра, нравственной красоты, духовного здоровья. Если же молодой человек не обладает крепким нравственным чувством, то бурное житейское море разрушит здание его жизни».
Преподавание «Основ православной культуры» поставило новые задачи перед системой духовного образования Русской Православной Церкви. Выступая в начале 2006 г. на XIV Международных Рождественских образовательных чтениях, митрополит Кирилл говорил о необходимости не просто повысить уровень преподавания в семинариях и академиях, но превратить духовную школу в источник общенационального знания, способного вести диалог по актуальным проблемам современной жизни: «Богословие должно быть актуальным, как актуальной должна быть и церковная проповедь». От Церкви же требуется активная воспитательная работа, которая должна проводиться вне зависимости от того, помогает ли в ней государство или нет, противодействуют ли ей атеисты или нет. Миссия Церкви в отношении молодежи и детей остается неизменной в любую эпоху:
«Сегодня мы не имеем права на бездействие. В центре миссионерской работы радеющей о своем единстве Церкви должна быть забота о подрастающем поколении, воплощенная, в частности, в конкретных и продуманных образовательных программах. Только в случае успешной их реализации грядущие нам вослед поколения, сумевшие сберечь христианскую веру и способные привить ее своим детям, сумеют противостоять разрушительным тенденциям, наблюдаемым ныне».
Процесс поиска консенсуса по вопросу преподавания «Основ православной культуры» продолжался до 2012 г., когда этот курс был введен во всех субъектах Российской Федерации.