В 1971 г. митрополит Никодим поручил иеромонаху Кириллу самостоятельно принять решение о вступлении духовных школ Русской Православной Церкви в Синдесмос (англ. SYNDESMOS) — Всемирное братство православной молодежи. Синдесмос был основан в 1953 г. по инициативе православных богословов и церковных деятелей, в т.ч. протоиереев Иоанна Мейендорфа и Александра Шмемана, и первоначально действовал только в Западной Европе и США. С 1964 г. в организацию вошли представители православных духовных учебных заведений Восточной Европы.
В СССР, где главной задачей атеистической пропаганды власть полагала полное ограждение от религиозного влияния прежде всего молодежи, о деятельности такой организации не могло быть и речи. Позднее Патриарх вспоминал о том, что к 1971 г. митрополиту Никодиму удалось несколько поколебать позицию властей, но риск подставить Церковь под очередной удар был очень велик:
«Как Церковь, так и духовная жизнь народа находились под жестким контролем правительства, и большей частью власти не желали появления православного молодежного движения, чтобы не допустить активности ни Церкви, ни молодежи. Этого не хотели власти, но горячо желала Церковь, и мы были обязаны найти верное решение, чтобы вдохновить такое церковное движение. Но нужно было сделать так, чтобы не вызвать нестроения в Церкви и не спровоцировать ужесточение церковной политики властей».
Одновременно Синдесмос «мог бы стать средством к тому, чтобы оживить и вдохновить православное молодежное движение и в стране, и в Церкви, мог бы обогатить нас опытом молодежной работы, навыки которой были давно утеряны».
Решение о вступлении Русской Церкви в Синдесмос иеромонах Кирилл должен был принять непосредственно во время ассамблеи Синдесмоса, на которую он прибыл с двумя уже подписанными митрополитом Никодимом письмами — о вступлении в эту организацию и о том, что «решение откладывается». Выбор он сделал сам — духовные школы Московского Патриархата вступили в Синдесмос. Иеромонах Кирилл был избран членом исполнительного комитета Синдесмоса. Это стало его первым дипломатическим послушанием.
12 сентября 1971 г., в праздник блгв. кн. Александра Невского, иеромонах Кирилл был возведен в сан архимандрита, 19 октября того же года Священный Синод назначил его представителем Московского Патриархата при Всемирном Совете Церквей в Женеве. Это назначение было неожиданным и не очень желанным. Архимандрит Кирилл готовился к другому — к дальнейшей учебе и к богословскому поприщу.
«Митрополит Никодим мне говорил: "Заканчивай академию поскорей, потому что потом у тебя появится возможность поехать для научной специализации за границу". Когда я его спросил куда, он ответил: "Скорее всего, в Оксфорд". Он аргументировал это тем, что помимо прекрасных возможностей для богословского образования там еще и очень хороший православный приход. Но прошло всего 2 года, и учеба в Оксфорде обернулась работой в Женеве. Митрополит Никодим, помня о своем обещании, в утешение мог сказать только одно: "Следующее поколение будет учиться в Оксфорде, а твоему поколению нужно работать"».
Отношения Русской Церкви с ВСЦ были далеко не простыми. В 1948 г. на Совещании Православных Церквей в Москве было принято решение об отказе от участия в этой влиятельной международной христианской организации. Только спустя 10 лет, после тщательного изучения возможностей, которые эта международная трибуна давала для свидетельства о Православии и для защиты Русской Церкви от новых гонений со стороны государства, было принято принципиальное решение о возможности участия в ВСЦ. 30 марта 1961 г. Священный Синод постановил «считать вступление Русской Православной Церкви в ВСЦ своевременным».
В 1961 г., на 3-й ассамблее ВСЦ в Нью-Дели, Русская Православная Церковь стала его полноправным членом. Примеру Русской Церкви последовали и другие участники Совещания 1948 г. При вступлении в ВСЦ Православные Церкви сделали «Заявление», в котором четко изложили православное видение христианского единства: «Православные не могут принять идею "равенства деноминаций" и не могут рассматривать христианское воссоединение просто как межденоминационное урегулирование. Православная Церковь не конфессия, не одна из многих и не одна среди многих конфессий. Для православных православная Церковь — это именно Церковь… Православная Церковь… имеет особое и исключительное место в разделенном христианском мире как носитель и свидетель традиций древней неразделенной Церкви, из которых происходят все существующие деноминации путем упрощения и отделения… Единство может быть восстановлено деноминациями их возвращением к общему прошлому».
Будущий Патриарх так сформулировал цели своей работы как представителя Русской Церкви при ВСЦ: «...чтобы Русская Церковь лучше знала, что происходит в мире, и для того, чтобы мир лучше знал, что такое Русская Церковь». Трибуна ВСЦ была открыта для обсуждения любых вопросов, в т. ч. о положении Церкви и верующих в СССР. Отвечая на них, нужно было всегда помнить, что непродуманное выступление могло спровоцировать власти в СССР на новые репрессии. Приходилось учиться недомолвкам, эзопову языку: «Нас спрашивают: "Свободна ли Церковь в вашей стране? " Мы отвечаем, что Церковь действует настолько, насколько ей позволяют действовать законы и сложившаяся политическая практика. Если затем следовал вопрос о воскресных школах, то звучал ответ, что у нас нет воскресных школ и религиозного образования, потому что это запрещено законом. "А что у вас есть?" — "У нас есть право совершать богослужения"».
На самый болезненный вопрос о находящихся в заключении исповедниках за веру «ответ всегда был такой — есть среди христиан люди, находящиеся в заключении, относительно которых существует официальная точка зрения власти, что они были посажены в тюрьму не по своим религиозным убеждениям». Церковные дипломаты активно использовали международной фактор для облегчения судьбы тех, кто был репрессирован за веру. Патриарх вспоминал:
«Как представитель Русской Православной Церкви при Всемирном Совете Церквей я имел возможность, приезжая в Москву, посещать Совет по делам религий и докладывать о настроениях мировой христианской общественности. И я активно проводил мысль о том, что репрессии против отдельных личностей очень неполезный для престижа нашей страны фактор. Я мог это не просто декларировать, но и доказать, потому что имел широчайший круг общения среди очень известных людей как в христианском, так и в дипломатическом мире».
Патриарх свидетельствует: «За все время пребывания за границей я ни разу не покривил душой. Нет ни одного факта, в отношении которого мне бы приходилось раскаиваться». Архимандрит Кирилл активно участвовал во всех мероприятиях ВСЦ, с 1975 г. вошел в центральный и исполнительный комитеты ВСЦ и вплоть до 1998 г. участвовал в их работе, не пропустив ни одного заседания. В 1-й половине 70-х гг. архимандрит Кирилл стал постоянным участником богословских диалогов Русской Православной Церкви с представителями других конфессий. Три года, проведенные в Женеве, дали будущему Патриарху не только огромный опыт в церковно-дипломатической области, но и возможность общения с русским духовенством и верующими за рубежом. В храм Рождества Пресвятой Богородицы в Женеве, весьма скромный по своим размерам, вначале ходило очень мало людей: контакты между служителями Церкви и посольскими работниками не поощрялись, верующие вынуждены были скрывать свою религиозность. Но постепенно при новом настоятеле, образованном и общительном, храм стал наполняться прихожанами.