Отношения между Русской Православной Церковью и различными протестантскими деноминациями, а также с англиканским сообществом развивались по нескольким направлениям. С одной стороны, Русская Церковь продолжала участвовать в тех богословских диалогах на межправославном уровне, которые начались в 70-80-х гг. XX в. Будущий Патриарх Кирилл являлся сопредседателем второго тура православно-реформатского диалога (Дебрецен II) в 1976 г. в Ленинграде и участником Евангелических Кирхентагов в Виттенберге (ГДР, 1983 г.) в Дортмунде (1991 г.) в Гамбурге (1995 г.). Диалоги с англиканским сообществом и со Всемирной лютеранской федерацией начались с 1981 г., а со Всемирным альянсом реформатских церквей с 1986 г. Кроме того, продолжались двусторонние диалоги Русской Православной Церкви с Церковью Англии (в январе 1991 г. митрополит Кирилл провел переговоры с делегацией Церкви Англии в Москве, в октябре 1991 г. сопровождал Патриарха Алексия II во время визита в Великобританию), Евангелической церковью Германии (митрополит Кирилл вел переговоры с делегацией Евангелической церкви Вестфалии в августе 1990 г., участвовал в мероприятиях 24-го Немецкого евангелического кирхентага в Рурской области в июне 1991 г.) и Евангелическо-лютеранской церковью Финляндии (визит митрополита Кирилла в Финляндию по приглашению Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии и его встреча с главой Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии архиепископом Турку Ю. Паармой состоялись в апреле-мае 1999 г.).
В 1990-х гг. Православные Церкви стали испытывать серьезные затруднения в диалоге с англиканами, протестантами и реформатами в связи с введением в этих общинах «женского священства» и общего усиления либеральных тенденций. Все труднее стало находить точки соприкосновения на богословской почве. Эта ситуация заставила Русскую Православную Церковь пересмотреть свое отношение к православно-протестантскому диалогу и инициировать постепенный переход от богословских тем к социальной и политической тематике. В диалоге с протестантскими деноминациями Русская Церковь считала своим долгом свидетельствовать о духовно-нравственных ценностях, основанных на Предании древней неразделенной Церкви. Именно поэтому в тех случаях, когда в протестантских общинах наблюдался радикальный отход от основополагающих нравственных норм христианства, Русская Церковь ограничивала или полностью прекращала контакты с этими общинами (например, с Епископальной церковью в США в ноябре 2003 г. в связи с «епископской ординацией» открытого гомосексуалиста и др.). Архиерейский Собор 2008 г. отметил, что «будущее отношений со многими протестантскими общинами зависит от их верности нормам евангельской и апостольской нравственности, на протяжении многих веков хранимым христианами».
В области миротворческой и практической социальной деятельности сохранялась возможность сотрудничества. Хотя иногда и в этих случаях за благородными на первый взгляд целями, например, помощью нуждающимся, скрывались попытки прозелитизма (как в случае с предложенной в 1992 г. лютеранами совместной акции «Миссия Волга-92»: созданная митрополитом Кириллом в ОВЦС специальная группа после изучения предложения выяснила, что гуманитарная составляющая проекта является прикрытием «миссии» по обращению традиционно православных россиян в лютеранство). Особым направлением в диалоге с протестантскими общинами Европы стала защита христианских ценностей в условиях формирования новой нормативно-правовой системы ЕС.
Владыка Кирилл был сопредседателем Межконфессиональных конференций СНГ и Балтии «Христианская вера и человеческая вражда» (Россия, 1994 г.), «Призваны к единой надежде в союзе мира» (Белоруссия, 1996 г.) и «"Иисус Христос вчера, и сегодня, и во веки Тот же" (Евр. 13:8). Христианство на пороге третьего тысячелетия» (Россия, 1999 г.). Роль христианских Церквей в истории и их духовное наследие, христианские основы европейской цивилизации, права христиан стали главными темами совместных конференций и консультаций с Евангелической церковью Германии (2005-2007 г.), Евангелическо-лютеранской церковью Финляндии (2005 г.), с баптистами (2006 г.).
Раскрывая эти темы на встречах в рамках Конференции европейских церквей (2005 и 2007 гг.), Европейской межхристианской ассамблеи (2007 г.), митрополит Кирилл выступал с критикой религиозного и нравственного релятивизма, навязываемого «эпохой постмодерна»: «Если человечество перестанет различать добро и зло, то очень скоро оно само себя разрушит… Я вижу одну из задач, которые сегодня стоят перед Церковью, перед научной общественностью в том, чтобы путем совместных размышлений помочь понять современному обществу: потерять способность отличать добро от зла означает приоткрыть врата апокалипсиса».