Пастырская забота о духовном и нравственном состоянии военнослужащих всегда было важным направлением деятельности владыки Кирилла. Владыка не раз отмечал, что у Церкви и Вооруженных Сил немало общего в мировоззренческих и моральных принципах: военнослужащие ценою собственной жизни должны сохранять и защищать национальный государственный суверенитет, а Церковь призвана оберегать нравственное здоровье общества, воспитывать в людях любовь друг к другу и готовность к жертвенному служению ближним. Большое значение для укрепления морального духа, обновления душевных и телесных сил имеет участие военнослужащих в богослужениях.
17 января 1992 г. в Государственном Кремлевском Дворце под председательством главкома СНГ маршала авиации Е.И. Шапошникова состоялось Всеармейское совещание, на котором присутствовали пять тысяч представителей офицерских собраний, а также Президент Российской Федерации Б.Н. Ельцин и Президент Казахстана Н.А. Назарбаев. По благословению Патриарха на этом исторически важном совещании присутствовал и выступил с речью председатель Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, который напомнил о многовековой истории взаимодействия Церкви и Армии, а также о том, что в православных храмах за каждым богослужением возносятся молитвы о властях и воинстве. Для того времени подобные слова, прозвучавшие из уст представителя Церкви, были весьма необычны и непривычны для слуха офицеров, но речь владыки была воспринята с большим интересом.
Взаимодействие Церкви и Армии начало постепенно выстраиваться, и значительный вклад в развитие этого сотрудничества внес лично митрополит Кирилл. В 1992-1995 гг. по инициативе владыки состоялся ряд церковно-армейских конференций, встреч Священноначалия Русской Православной Церкви и руководства Минобороны. На заседаниях Священного Синода были приняты решения, которые заложили основу для развития церковно-армейских взаимоотношений и в конечном итоге привели к воссозданию института военного духовенства. 2 марта 1994 г. министр обороны Российской Федерации П.С. Грачев и Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II подписали заявление, в котором были обозначены цели, а также основополагающие принципы и направления взаимодействия Вооруженных Сил России с Русской Православной Церковью.
На Смоленской земле взаимодействие Церкви и Армии началось с состоявшейся в феврале 1995 г. региональной конференции офицерского состава Военной академии войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил России «Церковь и Армия сегодня в российском обществе и государстве». С этого времени стали регулярно проводиться лекции для личного состава Военной академии, беседы и встречи со священнослужителями. 13 марта 2000 г. между Военной академией и Смоленской епархией был заключен договор о сотрудничестве. В академии состоялось торжественное открытие факультета православной культуры, инициаторами которого выступили митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, а также генерал-полковник В.К. Чертков. Для проведения занятий на факультете были разработаны две образовательные программы: «Основы православной культуры» и «Православие в истории Смоленской земли».
Важным событием в духовной жизни академии явилось строительство и освящение 22 декабря 2002 г. митрополитом Кириллом храма в честь воина-мученика Меркурия Смоленского, благодаря подвигу которого в далеком 1238 г. Смоленск был спасен от разорения, а жители — от неминуемой гибели. Именно этого святого угодника сотрудники Военной академии стали почитать своим небесным покровителем. Сразу после освящения храма родилась идея возведения звонницы. 4 сентября 2005 г. митрополит Кирилл освятил иконостас и колокола звонницы храма святого воина-мученика Меркурия Смоленского. После освящения иконостаса и колоколов звонницы был совершен крестный ход к большому плацу, где был построен весь личный состав академии по случаю принятия присяги курсантов-первокурсников. Владыка Кирилл благословил будущих офицеров на дальнейшее учение в Военной академии и служение Отечеству. Каждому курсанту, принявшему присягу, была вручена иконка Спасителя с молитвой «Живый в помощи Вышняго». По благословению владыки Кирилла при храме Меркурия Смоленского был также открыт Центр духовной и социальной активности.
Замечательной традицией, появившейся в годы управления Смоленской и Калининградской епархией митрополитом Кириллом, стало освящение первых знаков воинского отличия — лейтенантских погон — во время проведения церемонии «посвящения в офицеры» накануне дня выпуска. Священники, приходившие на военные объекты, совершали освящение знамени, казарм, оружия и боевой техники, служили молебны при отправлении в зону боевых действий, в дни памятных дат, при перезахоронении останков погибших воинов.
По благословению митрополита Кирилла Администрацией Смоленской области был учрежден Смоленский фельдмаршала Кутузова кадетский корпус. Не прерывается взаимодействие кадетского корпуса со Смоленской митрополией и Военной академией войск противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации им. маршала А.М. Василевского. Юные кадеты изучают предмет «Культура русского православного воинства».